De slechte heerser van Duloc (de kleine Lord Farquaad) heeft alle sprookjesfiguren uit zijn land verbannen. De figuren, inclusief een praatgrage ezel, vluchten naar het moerasland van de oger Shrek, die erg op z'n privacy gesteld is.
Een oude Laotiaanse kluizenaar ontdekt dat de geest van een verkeersslachtoffer hem vijftig jaar terug in de tijd kan brengen, naar het moment van de pijnlijke dood van zijn moeder.
1999: tijdens de laatste dagen van het oude Millennium is Lenny Nero, een ex-agent, een dealer van data-discs. Deze discs bevatten opnames van herinneringen en emoties. Op een dag ontvangt hij een disc met daarop de herinneringen van een moordenaar die een prostituee vermoordt
Na een tragisch ongeluk verliest Luke Gibson niet alleen z’n zwangere vrouw; ook z’n complete geheugen is hij kwijt. Hope Industries, een innovatief psychisch centrum, installeert echter een implantaat in Luke’s hoofd waardoor hijzelf in leven blijft. De implantaat is daarentegen niet zonder gevolgen als blijkt dat Hope Industries sinistere plannen heeft met de nieuwe technologie.
Herfst 1910, hoog in het Noorden. Een kampement van Inuit-nomaden wordt bedreigd door hongersnood. De situatie wordt nijpend als dag na dag de jagers met lege handen terugkeren. Niemand weet echter dat de sjamaan Croolik middels zwarte magie er voor heeft gezorgd dat alle dieren zijn verdwenen. De wijze vrouw Saya herinnert zich de legende van Sarila, een beloofd land verscholen achter de gletsjers, waar alles in overvloed zou zijn. De legende gaat dat alleen degene met een zuiver hart de plek mogen betreden. De verraderlijke kraai van Croolik, Kwatak, gaat ermee akkoord dat de drie jonge Inuit Putulik, Apik en Markussi op zoek gaan naar Sarila om hun stam te redden.
In 1659 woont de operazangeres Agnès Dormes niet ver van Versailles een zwarte mis bij. Ze kan er verhinderen dat een baby geofferd wordt en slaat met het kind op de vlucht. Twintig jaar later is het kind een knappe jonge vrouw geworden, Julie de Maupin. Op een dag wanneer Julie terugkeert naar huis, wordt ze aangerand door twee ruiters die haar proberen te vermoorden. Ze wordt nog net gered door haar stiefvader Gaston. Die betaalt zijn tussenkomst met zijn leven. Julie gaat op zoek naar Agnès.
Een ras meedogenloze aliens weet via een eeuwenoude portal de aarde te bereiken. Een geheime overheidsgroep met militaire wetenschappers, geleid door Bruce Kramer, probeert een manier te vinden om de buitenaardsen te bestrijden.