Historien tager sin begyndelse med et brutalt mord på allehelgensaften. Gothams unge helt, The Batman, slår sig sammen med byens to eneste ikke-korrupte mænd, politimanden Jim Gordon og statsadvokaten Harvey Dent, for få Carmine "The Roman" Falcone ned med nakken i den tro, at han står bag mordet. Snart følger flere mord, og det viser sig, at den skyldige er en seriemorder, hvis identitet bliver sværere og sværere at gennemskue.

Allehelgensaften synes ikke at få en ende. Gotham er ved at drukne i udklædte kriminelle, der spreder frygt, død og ødelæggelse i byen. Seriemorderen hærger stadig, og Batman begynder at mistænke, at morderen kan være en mand, der tidligere var på hans side. Kampen tager til, skurkene danner fælles front, og hvis de gode skal vinde, er det nu eller aldrig.

Jerry Fletcher er en paranoid taxichauffør i New York. Han har masser af teorier om mulige regeringsstyrede sammensværgelser. Han skriver sine teorier i et nyhedsbrev, som han præsenterer for juristen Alice Sutton. Men en dag viser en af hans vanvittige teorier sig at holde stik - men hvilken? Og pludselig er både Alice og Jerry på vild flugt!

Myndighedere er desperate efter at opklare mysteriet om en gruppe bortførte kvinder fra Virginia. En miskrediteret præst har haft syner, der peger i retning af et hemmeligt medicinsk eksperiment, men der er ingen afgørende beviser. Det er således lige en sag for de to tidligere agenter ud i paranormale fænomnerer, Mulder og Scully. De har imidlertid ikke har lyst til at tage arbejdstøjet på igen.

På USA's sikreste universitet begynder de studerende en efter en bogstavelig talt at tabe hovedet. Måske er der en naturlig forklaring eller er storbyens legender - vandrehistorierne - ved at blive til blodig virkelighed?