字廻組の組員・南は兄貴分の尾崎に生涯の忠誠を誓っていたが尾崎の言動がおかしくなった。狂いつつある尾崎に恐怖を感じた字廻は、南に尾崎を殺して死体を名古屋にあるヤクザの処理場で始末するよう命令する。悩みながら名古屋へ出発した南は、事故で尾崎を殺してしまう。ところが、途方に暮れて立ち寄った喫茶店でほんの少し目を離した間に、車中の尾崎の死体が消えてしまう。

西暦2047年。調査救助船が海王星への極秘任務に飛び立った。その目的は7年前に海王星で消息を絶った超深度宇宙探査船イベント・ホライゾン号の救助であった。実はイベント・ホライゾンには重力制御による新航法システムが取り入れられており、今回の作戦に特別参加したウェアー博士はそのシステムの開発者だった。やがて海王星でイベント・ホライゾンの姿を捕えた一行は船内に侵入するが、同時にクルーが幻覚や幻聴に苛まれるようになっていた。

夫を悲惨な事故で失ったシングルマザーのアメリアは、一人息子のサミュエルと共に暮らしていた。サミュエルは学校でしばしば暴力的な行動を起こす問題児。言うことを聞かない息子に手を焼き、アメリアは疲れ果てていた。一方、サミュエルは、母親の読み聞かせで眠りにつくのが習慣で、その日はアメリアの知らない一冊の本を取り出し、彼女に読んで欲しいとせがむ。どこか薄気味の悪いその絵本は「ババドック」というキャラクターが登場する不思議な本だった。

大ヒットを記録したホラーシリーズ「エルム街の悪夢」が終了してしばらく。第1作で主演を務めた女優・ヘザーは悪夢に悩まされていた。そんな折、「エルム街の悪夢」の新作が決定し、懐かしい面々と再会する。だがその日以降、不審な出来事が起こり始める。

実際に世界各地で起きている“聖痕現象（スティグマ）”を、初めて映画化した超常スリラー。平凡な一女性・フランキーは、ある日突然両腕から原因不明の出血をする。すべてはここから始まった……。

息子エイダンと共に海辺の街に移ったレイチェルは、地元紙の記者として働き始める。その矢先、街で数十年ぶりの怪死事件が発生する。犠牲者の家から例のビデオを発見したレイチェルは、サマラの呪いであることを確信。その一方で、エイダンの身にも異変が…。

1990年、アメリカ・ミネソタ州。刑事のケナーは、17歳の娘アンジェラから虐待を受けたと告発された、旧友のジョンを取り調べることに。ジョンは記憶が不確かながらも自らの罪を認め、どこか釈然としないケナーは、高名な心理学者のレインズに協力を要請。アンジェラをはじめ、ジョンの家族のことも調べて回るうち、彼らは事件が単なる家庭内暴力の問題ではなく、その裏に恐るべき闇が潜んでいることに気付き、愕然とする。

更生施設でカウンセラーとして働くマギーはある日、眠りを拒む少年・ジョンと出会う。彼からエルム街の悪夢や殺人鬼・フレディについて聞いたマギーは、その話と自分が見た悪夢が似ていることに気づき、悪夢の秘密を解くため、ジョンが話していた町に向かう。