Un'ondata di orribili omicidi sta investendo Tokyo. L'unica connessione è una sanguinosa X scolpita nel collo di ciascuna delle vittime. In ogni caso, l'assassino si trova vicino alla vittima e non ricorda nulla del crimine. Il detective Takabe e lo psicologo Sakuma sono chiamati per capire la connessione, ma la loro indagine non va da nessuna parte...
Hideo Suzuki è un assistente mangaka di 35 anni, la cui vita sembra essere bloccata attorno al suo lavoro estenuante ma sottopagato, sogni non realizzati, strane allucinazioni e relazioni insoddisfacenti. Si vede come un personaggio di supporto nella propria vita, ha una bassa autostima, con conseguente frustrazione. Un giorno, il mondo come lo sa Hideo viene sconvolto dalla presenza di una malattia che trasforma le persone in maniaci omicidi, il cui primo istinto è quello di attaccare e divorare l'umano più vicino.
Una principessa himalayana viene posseduta dallo spirito di una venusiana, scappata dal suo pianeta prima che venisse devastato dal mostruoso King Ghidorah, potente drago spaziale che viaggia nello spazio che attraversa con un meteorite. La principessa, che qualcuno intende assassinare, cerca di avvertire i potenti della Terra, ma non viene ascoltata. Solo nelle fatine-sacerdotesse di Mothra riesce a trovare un aiuto. In quello stesso momento tuttavia fanno la loro comparsa anche Godzilla e Rodan, che cominciano ad attaccare il Giappone...
La polizia di tutto il mondo è sulle tracce di Kira, un personaggio misterioso che decima criminali da tutto il mondo. Light Yagami, il vero Kira, è un universitario modello, molto intelligente, che vuole seguire le orme del padre ed entrare in polizia. Accedendo alle informazioni segrete della polizia coi dati del padre, scopre quanto debole sia la "giustizia" delle leggi, in quanto un'infinità di criminali è ancora in libertà per mancanza di prove o prescrizione. Deluso dalle istituzioni, trova a terra un libro nero dal titolo "Death Note", che riporta un'inquietante serie di regole sul suo utilizzo stampate all'interno, la prima delle quali afferma che la persona il cui nome viene scritto sul quaderno morirà.Decide allora di mettere alla prova il quaderno scrivendo il nome di un criminale ed ottiene conferma della sua efficacia. Light accetta la responsabilità di questo potere e decide di usarlo per uccidere tutti i criminali e creare un mondo migliore.
La guerra tra i clan Sanno e Hanabishi, entrambi appartenenti alla Yakuza, è vinta dai secondi. Otomo è quindi costretto a lasciare il Giappone. Tornerà anni dopo per risolvere, una volta per tutte, i conti lasciati aperti.
La banda di Ryuchi, cinese emigrato in Giappone per scalare i vertici della malavita, effettua una serie di omicidi. A tallonare il gangster, oltre alla locale yakuza, c'è anche il detective Jojima, che per venire incontro alla politica di non violenza della polizia chiede aiuto ad alcuni criminali.
In una Tokyo del futuro flagellata da mutanti chiamati Engineer.La loro caratteristica principale è quella di trasformare le ferite ricevute in armi letali. Per contrastare gli Engineer viene formata una speciale squadra d'assalto capitanata dalla nostra protagonista, la bella Eihi Shiina. Purtroppo la polizia privatizzata e indipendente, non ci va leggera e spesso a farne le spese sono anche gli innocenti cittadini...
In una piccola città del Giappone, la studentessa Kirie inizia a sospettare che stia accadendo qualcosa di strano quando il padre del suo fidanzato passa molto tempo a riprendere con una telecamera il guscio di una lumaca. Il gesto nasce da una strana ossessione per le spirali che sembra interessare inspiegabilmente tutti gli abitanti, che cominciano a morire in modi atroci.
Il ritorno nella propria città dopo qualche anno di lontananza è per un giovane ventenne l'occasione per un confronto con gli amici d'infanzia. Subito però cominciano ad accadere fatti strani. Una ragazza creduta morta quando erano piccoli torna dal nulla, facendo riaffiorare traumi e ricordi. Il mistero che la circonda sarà l'occasione per tutti di rimettere piede nel labirinto di un parco giochi, attrazione abbandonata da moltissimo tempo, nel quale era successo il fattaccio. Il viaggio nel labirinto infestato da presenze ultraterrene, diventa però subito un viaggio allucinato e non privo di conseguenze, che oscilla tra passato e presente dei personagi, alla ricerca della verità, cioè di cosa sia davvero successo quando vi si recarono da bambini.