サイコキラーの心理に、自らのそれをシンクロさせて事件を解決するFBI捜査官ウイル・グラハム。その捜査方法は、自己を崩壊させかねない危険なものだった。家族とマイアミで静かに暮らす彼に、FBIから出動要請が。普通の捜査官の手に負えないシリアルキラーが現れたのだ。
絵画修復の技術を学ぶためにアメリカからローマにやってきた研究生のサラ・マンディは、同僚女性と墓地で発掘された壺を調べるうち、骨やローブ、短剣などを発見する。それは、マーテル・ラクリマルムと呼ばれる邪悪な魔女の遺物で、サラたちは世界制覇をたくらむ魔女たちを現代に解き放ってしまう。
映画のヒットによってバーキッツヴィルはもはや観光スポットに変わっていた。ブレアの魔女を探しに全米各地ばかりか世界中から観光客が押し寄せていた。そんなブームに便乗した“ブレア・ウィッチ・ハント”ツアーの第1回目に参加したのは4人の若い男女。さっそくラスティン・バーの家の近くの廃城でキャンプを張った彼らだったが…。