2029年、この25年間で新たなミュータントは生まれておらず、彼らの存在は絶滅の危機に瀕している。かつて「ウルヴァリン」の名で知られていたローガンことジェームズ・ハウレットはテキサス州で運転手として働き、メキシコ国境の向かい側に位置する放棄された製錬工場でキャリバンやチャールズ・エグゼビアと共に暮らしていた。ある日、ローガンはガブリエラ・ロペスから、ローラという名の11歳の少女をノースダコタ州にある「エデン」まで送り届けて欲しいという依頼を受ける。

夏休みを利用しておばちゃまの羽臼屋敷を訪れる“オシャレ”と6人の友人。だがおばちゃまはすでにこの世の人ではなく、戦死した恋人への思いだけで存在し続ける生き霊だったのだ。そして若返るためには少女を食べなければならない。ピアノや時計が少女たちを次々に襲い、羽臼屋敷は人喰い屋敷と化した……。

目暮警部がボウガンで何者かに撃たれる事件が起こった。そして、蘭の母・妃英理、阿笠博士も相次いで命を狙われる。犯行現場に残されたトランプの意味するものは？捜査が続けられる一方、それをあざ笑うようにターゲットを襲う犯人の魔の手、増える被害者の数、あせるコナン…。手がかりをおっていくうちに海中レストランへ辿りついたコナンたち。そこには他にも招待客が来ていた。彼らに共通するものは？犯人はこの中にいるのか？

'57年のウィーン、冬。身元を隠し、ホテルの夜番のフロント係として働く元SSのマックスの目前に、かつて弄んだユダヤ少女ルチアが今や高名な指揮者の妻となって現われる…。

2027年のロサンゼルス、地球上は荒廃し、人工臓器の開発により身体をサイボーグ化する技術が普及し負傷した身体の一部をサイボーグ化することが普通になっていた。ロボット工学関連の犯罪専門のLA市警捜査官アレックスも身体の一部をサイボーグ化され、犯罪者を射殺するため奔走していた。