1962年、米ソ冷戦時代のアメリカで、政府の極秘研究所の清掃員として働く孤独なイライザは、同僚のゼルダと共に秘密の実験を目撃する。アマゾンで崇められていたという、人間ではない“彼”の特異な姿に心惹かれた彼女は、こっそり“彼”に会いにいくようになる。ところが彼は、もうすぐ実験の犠牲になることが決まっていた。

　“妖精を目撃した”として一大論争を巻き起こした実話を基に描く、ファンタジックな感動作。自然豊かな美しいイギリスの田舎町を舞台に、妖精たちと心を通わせる少女たちの無垢な姿を詩的な映像で綴る。第一次大戦下のイギリス。父が戦地で行方不明となった8歳の少女フランシスは、12歳の従姉妹エルシーのいるヨークシャーへと向かった。叔父夫婦に温かく迎えられ、逆境に負けず毎日を明るく過ごすフランシス。そんなある日、彼女とエルシーは小川で美しく光る妖精に遭遇する。

ヴィクトリア朝時代のロンドン。母を亡くして悲しみに暮れる少女クララは、クリスマスに母の形見の卵型の箱を贈られたが、それを開く鍵は見当たらなかった。そんな中、名付け親のドロッセルマイヤーが主催するパーティーに家族で参加したクララは、贈り物として箱の鍵を見つけるが、手にする前にネズミに奪われてしまう。ネズミと鍵を追うクララは、いつしか不思議な世界へ迷い込む。そこは、亡き母が創り上げた秘密の王国だった。