トーマス・アンダーソンは、大手ソフトウェア会社に勤めるプログラマである。しかし彼には天才ハッカー、ネオというもう一つの顔があった。ある日、彼はとある人物から連絡を受け、警察に追われる。そして彼から衝撃的な世界の真実を告げられた。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

皇帝直属の特務機関“神侯府”の秘密捜査官、“四大名捕”の冷血らは偽金事件を解決。しかし、事件の黒幕・安世耿の父親である安雲山の絶大な超能力により、安世耿は樹木と同化し復活していた。さらに安雲山は、神侯府を率いる諸葛正我に変身し、首都警察“六扇門”の隊長・柳を亡き者にする。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

自分に課した３つのルールを厳格に守りつつ犯罪すれすれの運び屋家業を続けるフランク。ある日いつものように運び屋の依頼が舞い込む。指定された時刻に指定重量のバッグを運ぶ。簡単ないつもの仕事のはずだったが、車のパンクを修理する途中バッグが動きだし中から声がするのを見つけ不審感がぬぐえなくなったフランクはついに自分に課したルール「荷の中身は見ない」を破り バッグを開けてしまうと中からはアジア人の美女があわられるのだった。

ニューヨーク市警殺人課の刑事ニック・コンクリン（ダグラス）は妻と離婚し、その子供の養育費を稼ぐのに日々苦労していた。そして、彼はある事件の麻薬密売品の押収品（金）を横領した嫌疑をかけられ、内務捜査官たちから査問を受けていた。そんなある昼下がり、ニックと、同僚のチャーリー・ビンセント（ガルシア）は、レストランに居た日本のヤクザの幹部と子分を、もう一人のヤクザが刺殺する現場に出くわす。追跡の末に男を逮捕するものの、日本国内での犯罪で指名手配されていたため、その男-佐藤（松田）を日本に護送することになった。

トランスポーター業から足を洗い、マイアミにやって来たフランク。彼は裕福なビリングス家の6歳になる一人息子、ジャックの送り迎え係として穏やかな日々を過ごしていた。しかし、ある日、ジャックの定期健診のために訪れた病院で、2人は何者かに襲われてしまう。

人類の生存を賭けた格闘技大会、モータル・コンバットが開催される。人間の格闘戦士と暗黒魔界の戦士たちとの死闘が東洋の孤島で繰り広げられるのだ。ゲームソフトを原作に描くSFX。

70年代後半に人気を誇ったTVシリーズのリメイク作品。姿を見せないボス、チャーリーの探偵事務所で働くのは、ディラン、ナタリー、アレックスの美女3人。今回彼女たちに下された指令は、誘拐されたノックス・テクノロジー社の創立者エリック・ノックスを救出するというもの。彼が開発中の“音声認識ソフト”が悪用されれば世界中が大混乱となるだろう。エンジェルたちは巨大企業オーナーでノックスのライバルであるコーウィンが犯人と見て危険な潜入捜査を決行する。

デアデビル対ブルズアイの戦いで命を落としたエレクトラは、スティックという盲目の武術の達人により復活を果たす。そして、激しい訓練の末に非情な暗殺者として生まれ変わり、マークという男とその１３歳になる娘アビーの暗殺指令を受ける。この父娘は闇の組織“ザ・ハンド”の元構成員で、組織から逃走中の身だった。だがエレクトラは、そうとは知らずにアビーと知り合い、深い友情を築いていた。そんな中、ザ・ハンドから５人の刺客が送り込まれ、エレクトラたちは窮地に追い込まれていく。

義賊として知られる大泥棒ハーランは、恋人との新生活のため泥棒稼業から足を洗おうと決め、ラスベガスの警備会社で運転手の職に就く。だが初仕事のさなか、上司が突然カジノの警備員を射殺し、運ぶはずの売上金を奪って逃走する。ハーランは銃で脅され車を運転するはめになるが、気が付けば強盗と殺人の罪を押しつけられていた。獄中で罠にはめられたと知った彼はギャングのアイス・クールを相棒に、復讐のための脱獄を計画する。