両親と2人の弟、そして愛犬とともに平和に暮らす13歳の少女ウェンディー。ある晩、彼女の前にピーター・パンと名乗る不思議な少年が現われる。ピーターに誘われたウェンディーは、弟たちとともに、永遠に子どものままでいられる魔法の国“ネバーランド”へ向けて旅立った。その地で楽しい冒険を繰り広げる一方、ウェンディーは一向に成長せず、恋する気持ちも理解できないピーターに物足りなさを覚えるようになる。

一人暮らしのゼペットじぃさんは、木でつくった人形に【ピノキオ】と名づけ、星に「自分の子どもになりますように…」と願いをかける。するとブルーフェアリーが現れ、魔法でピノキオに命を授け「勇気を持って生き、正直で優しければいつか本当の人間になれる」と言い残して去って行く。 学校へ通うようになったピノキオだが、いろいろな誘惑に惑わされてしまい…。

博物館の学芸員で、言語学者であるマイロ・サッチは、アトランティスに関する新しい学説を発表するが、館長に無視される。そんな時、彼の前に、謎の女性、ヘルガ・シンクレアが現れる。彼女に連れられ、プレストン・ウィットモア氏のマンションに行ったマイロは、ウィットモア氏に熱意を認められ、アトランティスの探検隊に入れてもらう。

かわいい人形たち！？のミュージカル・アドベンチャー！子供たちのために多くの人形が作られる製造工場、しかし欠陥品になった人形は、“アグリーヴィル”村へ送られてしまいます。村での生活に満足しながらも、人間の子供に愛されることを夢見ているモキシーは、ある日仲間と一緒に製造工場へ行き、ヒト型の人形の世界へ迷い込みます。そこでアイドル的存在の代表者ルーに、テストを受けさせてもらうことになりますが、うまくいきません。悲しみにくれるモキシーたち、果たして願いは叶うのか！？

前作『リトル・マーメイド』で結ばれたトリトンの末姫である元人魚―アリエルと海辺の王国の王子―エリックの間に、陸と海を繋ぐ子供―メロディが誕生した。メロディの誕生に沸き立つ中、アースラの妹―モルガナが現れ、自身が姉の代わりに海の支配者になると宣言して消えてしまう。それから12年、その身を案じられて海の世界に関する全てを秘されて育ったメロディは、母のアリエルが陸の世界に憧れた様に、海の世界に憧れていた。