Grupper af nyligt afdøde mennesker, som er blevet genoplivet og udstyret med højteknologiske våben, må samarbejde for at overvinde en monsterhær i Tokyo og Osaka.

Satoshi og hans venner rejser til LaRousse, hvor de møder en dreng ved navn Tooi der er bange for Pokemon på grund af en hændelse, der skete fire år tidligere. I mellemtiden, Deoxys, en Pokémon fra rummet, er opstået, sætte en barriere rundt i byen og kidnapning mennesker. Rayquaza, en Pokémon, der lever i atmosfæren, kommer til at bekæmpe den.

En tryllekunstner forsøg på at bruge magt af Millennium komet til at vække den legendariske Pokémon Groudon.

En gruppe videnskabsmænd og lægefagfolk har designet den perfekte hospitalsseng: den har fuldt fungerende robotegenskaber og kan medicinere og fodre patienten og efterfølgende gøre totalt rent. Men den er også udstyret med en selvstændig atomreaktor og tjener i virkeligheden et helt specielt formål.