テレビアニメ全25話（一部パートに新規カットあり）と、テレビ未放送話『True End Episode「No One is Alone」』を、約90分の物語に再編集した特別版。国内10か所の映画館で上映イベントとして公開された（この上映はあくまでもイベント扱いであり、劇場版では無い）。

両親と共に引越し先の新しい家へ向かう10歳の少女、千尋。しかし彼女はこれから始まる新しい生活に大きな不安を感じていた。やがて千尋たちの乗る車はいつの間にか“不思議の町”へと迷い込んでしまう。その奇妙な町の珍しさにつられ、どんどん足を踏み入れていく両親。が、彼らは“不思議の町”の掟を破ったために豚にされてしまう。

山里に住む若者アシタカは、怒りと憎しみにより“タタリ神”と化した猪神から呪いをかけられてしまう。呪いを解く術を求めて旅に出るアシタカはやがて、西方の地で“タタラ”の村にたどり着く。エボシ御前が率いるその村では、鉄を造り続けていたが、同時にそれは神々の住む森を破壊することでもあった。そして、そんなタタラ達に戦いを挑むサンの存在をアシタカは知る。人の子でありながら山犬に育てられた彼女は“もののけ姫”と呼ばれていた。

走りで最強を目指すと豪語するジャングルポケットは ＜トゥインクル・シリーズ＞でのフジキセキの走りに衝撃を受け、レースの世界に飛び込む。 トレーナーと共にデビューを果たしたジャングルポケットは、 一生に一度しか走れない栄誉あるクラシック三冠レースに挑む。 しかしそこに立ちふさがったのはアグネスタキオンやマンハッタンカフェといった同世代のライバルたちだった。 新時代の扉を開く熱き戦いが、いま始まる——。

1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。

敗戦から十数年。占領軍統治下の混迷を抜け、国際社会への復帰をめざし高度経済成長を続けるもう一つの日本。しかしスラム化した首都での凶悪犯罪が激増。武装する反政府勢力により首都圏治安警察機構との武力衝突が相次いだ。治安の番人として強化服と重火器で完全武装する、“ケルベロス”というその精鋭集団は、ゲリラを徹底的に排除してゆくのだった。

幼い頃にけがをさせてしまったランスロットと、久しぶりに再会を果たしたトリスタン。命の危機に陥った母を救うため、トリスタンは自身の内に渦巻く闇の力に打ち勝てるのか!?

西国（ウェスタリス）の凄腕スパイ「黄昏」ことロイド・フォージャーのもとに、進行中のオペレーション「梟（ストリクス）」の担当者を変更するとの指令が届く。一方、アーニャが通うイーデン校では、優勝者に「星（ステラ）」が授与されるという調理実習が実施されることに。ロイドは少しでもオペレーション「梟（ストリクス）」が進展していることを示し、現状の任務を継続できるよう交渉する材料にするため、どうにかアーニャに星を獲得してもらおうと考える。そこで、ロイドは調理実習の審査員長を務める校長の好物だというフリジス地方の伝統菓子を作ることをアーニャに提案。一家は本場の味を確かめるべく、フリジス地方へ旅行に出かけるが……。

1966年、秋。ベトナム戦争最中の、日本の中のアメリカ——米空軍・横田基地。ファントムF4戦闘機があわただしくスクランブル発進する基地周辺を殺伐とした空気が包む中、街では不審な自殺が相次いでいた。 地下鉄・銀座線、浅草行最終列車。殺風景な車両にたたずむひとりの少女。大人をも射すくめる強い眼差しと、堅く結ばれた唇が秘めた意志を物語る──彼女の名は小夜（SAYA）。人間社会に身を潜めた吸血鬼＜翼手＞を倒すため、「組織」が送り込んだ救世主。セーラー服に身を包んだ小夜は、日本刀を武器に基地内のアメリカンスクールに潜入したが……。

対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、武器密売組織の拠点に突入し探索中に国際指名手配犯グレン・アリアスと対峙するが逃してしまう。一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、大学で死者が甦り、凶暴化する事件の調査、研究する中、新型ウィルスの関与を突き止め、治療薬開発に成功するが直後、研究所が何者かに襲撃される。クリスは協力を求めて新型ウィルス事件に詳しい大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・Ｓ・ケネディのもとへ向かい、再会した二人は、アリアスのバイオテロ阻止のためニューヨークへと向かう。

ある日冬樹のもとに届いた、ケロロそっくりの奇妙な石像。その謎を解き明かすためにケロロと冬樹の大冒険が始まる! 舞台は、神秘に満ちた絶海の孤島イースター島。そこに駆けつけたケロロ小隊と仲間たちの前に現れたのは、愉快な精霊マナ、不思議な双子イオとラナ、そして永い眠りから復活した、恐るべき伝説の邪霊アクアク。果たして石像の正体は? そして驚きの“究極の戦士 (ケロロ)”とは…? シリーズ最大･最凶の敵と大激突!! どうなる、ケロロ小隊!?