Vuit anys després de la desaparició de Batman, acusat públicament de la mort del fiscal Harvey Dent, l'activitat delictiva de Gotham City es manté baixa gràcies a la duresa de l'anomenada Llei Dent. Però les activitats d'una misteriosa lladre i l'aparició de Bane, un perillós terrorista emmascarat, obliguen el Cavaller Fosc a tornar a entrar en escena, malgrat ser un fugitiu de la justícia.

L'agent Ethan Hunt, acusat d'un atemptat terrorista amb bombes contra el Kremlin, és desautoritzat juntament amb tota l'organització, en posar en marxa el president l'anomenat 'Protocol fantasma'. Abandonat a la sort i sense recursos, l'objectiu d'Ethan és rehabilitar el bon nom de la seva agència i impedir un nou atac. Però emprèn aquesta missió amb un equip format per fugitius, els motius personals dels quals no coneix bé.

Febrer de 1976, a l'antiga colònia francesa de Djibouti, prop de la frontera amb Somàlia. Un grup de terroristes segresta un autobús escolar amb uns 30 nens. Després de 30 hores de tensió s'organitza una operació de rescat. Per a desbloquejar la situació, França envia una unitat de tiradors de la Gendarmeria.

Dos anys després d'escapar d'un atac violent, una adolescent ha de defensar-se d'una cèl·lula terrorista domèstica.

Segle XV, Xina. Dos mercenaris, un d'anglès i un altre d'espanyol arriben a la Xina buscant el secret de la pólvora. Pel camí tenen una trobada amb una criatura espantosa; quan arribin s'adonaran que la Gran Muralla no s'ha construït per defensar-se dels mongols, sinó quelcom molt més perillós i sinistre: la criatura que els va atacar no està sola.