地球を飛び立った宇宙船は１年余りの宇宙航行の末、とある惑星に不時着した。乗組員のテイラーたちは沈没してしまった宇宙船をあとにし、その陸地を彷徨い歩くと猿人たちが人間狩りをしている驚愕の光景を目にする。この星では高等動物の猿が、口の聞けない下等動物の人間を支配していたのだ。テイラーたちも捕まり、奴隷のように理不尽な扱いを受ける。しかし、テイラーはチンパンジーのジーラ博士とコーネリアス博士の理解と協力を得て、同じ人間の女性ノヴァと共に逃亡、新天地を探し求めていく。

2017年、独裁政権が支配し社会経済が混乱したアメリカ。正義感に溢れる警官ベン・リチャーズは、食料を求めて暴動を起こした一般市民への同情から発砲命令を拒否したため、無実の罪を着せられ凶悪犯として強制労働所へ収容されていた。施設で知り合った反政府組織のラフリンやワイスらと結託して脱獄するが捕らえられてしまう。人気司会者デーモン・キリアンが率いる「凶悪犯と正義の戦士との戦い」を放映するテレビ番組『ランニング・マン』のスタッフ達は、卓越した身体能力を持ち凶悪犯として時の人となっているベンに目をつけ、新たなチャレンジャーとしてベンに番組出演のオファーをする。

西暦2029年。土星付近で調査活動中の米空軍宇宙船オベロンには乗組員と遺伝子操作を受けて高い知能を持つ多数の類人猿も実験動物として搭乗していた。宇宙空間で磁気嵐を発見しチンパンジーが操縦するポッドを調査に向かわせるが通信途絶してしまう。宇宙飛行士のレオもポッドで捜索に向かうが嵐に吸い込まれ惑星に不時着する。そこは高い知能を持つ猿が人間を支配しており、レオは捕まってセード将軍に危険人物としてマークされるが人間に好意的なアリの助けで身近な人々と共に町を脱走する。

園芸部所属のさく、孤高の美少女りこ、みんなの人気者彌生、ピアノが得意な都、委員長みちるらは同じ女子校に通っている。折しもみちるが実行委員を務める最大のイベント、文化祭の日程が迫っていた。さくは生花店の店員に恋心を抱き、みちるにも憧れの人がいた。