地球防衛にあたる特殊部隊SG-1は、侵略種族として宇宙にその名を轟かせたゴアウルドの実力者で最後の生き残りバールの処刑に立ち会う。しかし時を同じくして、バールのクローンが暗躍し始める。処刑の最中にSG-1のティルクとヴァーラが消えてしまったことから、残りのメンバーはバールのクローンが過去へ遡って歴史を変えてしまっていることに気づく。だが、メンバーたちはそのまま元いた世界とは全く別のパラレルワールドに入り込んでしまう。やがて彼らは失われた異星間移動装置“スターゲイト”を見つけて時間の流れを戻し、バールの野望を阻止するために壮絶な戦いを繰り広げていくが…。

1980年、ハワイ沖を航行する原子力攻撃空母ニミッツは突如、奇妙な竜巻の襲来を受けたために真珠湾へ引き返そうとするが、そのまま呑み込まれてしまう。嵐は収まったものの、随伴していた駆逐艦が行方不明で無線にどこからも応答がないなどの異常な事態を認識した艦長は、両舷に緊急警戒態勢を発令すると共に、真珠湾への偵察機を発進させる。ニミッツに近づく飛行機をレーダーによって発見し、調査のためにF-14トムキャットを発進させるが、その飛行機はなんと零戦であった。

1876年。英国貴族のレオポルド公爵は、政略結婚の花嫁選びのためNYへ。不審な男を見つけた彼は、後を追ううちに現代へタイムスリップする。男は天才科学者スチュアートで、過去へ旅する方法を見つけたという。次のタイムトラベルが可能になるまでの1週間、スチュアートのアパートに滞在することになったレオポルド公爵は階下に住むキャリアウーマン、ケイトと知り合うが、彼女は浮き世離れした彼を売れない俳優と思い込む。

建築士のマイケルは、大切な家族を幸せにしたいと思うあまり、仕事に追われ家族との時間さえも持てない忙しない日々を送っていた。そんなある日、彼は人生さえも早送りや巻き戻しできる不思議なリモコンを手に入れるのだった。

元々は軍事用ロボットだが、落雷によるショート・サーキット（回路不良）で感情を持ってしまったナンバー・ファイブ。以前は工場から逃げ出す騒動を起こしたが、今や人間たちにもなじんでジョニー5というニックネームで呼ばれる。NYでジョニー5のおもちゃを作って売っているベンはデパートで働くサンディの依頼を受け、おもちゃをひと月で1000体作ることに。そこに本物のジョニー5が現われ、おもちゃ作りを手伝うことに。

日本人の父とアメリカ人の母を持つバカルー・バンザイは、天才的な脳神経外科医で物理学者、そしてロックバンドのボーカルでもあるスーパースター。ある時、実験で偶然“８次元”の世界に迷い込んだバカルーは、未知の生命体と接触してしまう。そのことがきっかけとなり、凶暴な異星人が地球を侵略しようとしていることが発覚。残された時間はわずか２４時間。バカルーは科学者やバンド仲間とともに、敵の本拠地へ向かう。

フランス中西部で遺跡を発掘していた調査隊が、14世紀の地層から当時存在しない遠近両用メガネのレンズと、助けを求めるメモを発見する。なんとそれらは行方不明になった調査隊の指導者、ジョンストン教授のものだった。やがて、教授が偶然発明されたタイムマシンの実験に関わっており、その過程で消息不明になったことが判明する。教授の息子であるクリスたちは、SOSに応えるため危険な過去への旅に出発する。