Suzume Iwato (suara Nanoka Hara) gadis berusia 17 tahun, tinggal di daerah Miyazaki, Kyushu, sebuah kota pantai yang tenang di Jepang. Dalam perjalanannya ke sekolah, ia bertemu seorang pemuda bernama Sōta Munakata (suara Hokuto Matsumura), yang sedang berkeliling mencari bangunan terbengkalai yang memiliki pintu. Suzume lalu mendapatkan penglihatan dan menemukan sebuah pintu tua yang berdiri tegak di antara reruntuhan. Pintu misterius tersebut membawanya ke dalam sebuah petualangan dan misi tak terduga untuk membantu pemuda tersebut mencegah bencana alam yang mengancam Jepang.

Dua belas tahun setelah putra sulung tercinta mereka, Junpei, tenggelam saat menyelamatkan nyawa orang asing, Kyohei dan Toshiko menyambut anak-anak mereka yang masih hidup di rumah untuk reuni keluarga. Putra bungsu Ryota masih merasa bahwa orang tuanya membenci bahwa bukan dia yang meninggal; istri barunya, Yukari, canggung bertemu anggota keluarga lainnya untuk pertama kalinya. Putri Chinami berusaha mengisi jeda yang tidak nyaman dengan sorakan yang dipaksakan.