「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

彦根藩井伊家の上屋敷に津雲半四郎と名乗る浪人が現れ「切腹のためお庭拝借」と申し出た。生活に困窮した浪人が「切腹する」と言っては、庭や玄関を汚されたくない人々から金品を巻き上げることが流行っており、家老の斎藤勘解由は数ヶ月前にやってきた千々岩求女という浪人の話を始めた。家老が切腹の場を設けてやると言い出すと、求女は狼狽したあげく、竹光で腹を切った上に舌を噛んで絶命した、と。話を聞いた半四郎は、求女は自分の娘婿であることを告げた。

鎌倉のとあるドライブイン。そこは、ブラックサタンの奇械人ワニーダによって、ドライブインに入った人間はすべて、奴隷人間にされていた。そんな中、危うく奴隷人間にされそうになった男の子が助けを求めたことから、仮面ライダーストロンガーこと城茂と電波人間タックルこと岬ユリ子がその悪巧みを叩き潰すために、ワニーダと斗うのだったが、二人とも囚われの身となってしまう。新たに洗脳されたストロンガーがタックルを襲うように命じられ…。

非情な私刑執行人パニッシャーは犯罪組織に単独で乗り込んでいたところを、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.の極秘ミッションを妨害したとして収監される。S.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリーは彼を釈放する代わりにブラック・ウィドウとチームを組み国際テロ組織リヴァイアサンによって盗まれたS.H.I.E.L.D.の軍事テクノロジーを奪還してほしいと持ちかける。アイアンマン、ハルク、ソーたちにも援護を要請し、2人は敵地へと潜入するが…。

ロボットによって全ての世話をしてくれる夢のような空中都市メトロシティ。そこで生活をしているテンマ博士の息子トビーは、ピースキーパーの実験中の事故によって命を落としてしまう。 悲嘆にくれるテンマ博士はトビーの姿と記憶を持ち、究極のエネルギー『ブルーコア』を搭載した人間にそっくりなロボットを作り上げた。しかし、息子として迎え入れたもののどこか本物とは違うことを痛感したテンマ博士は彼を拒絶してしまう。 自分がロボットであることを知りブルーコアを狙うストーン大統領にも追われ地上へ落ちた彼は、コーラたち地上に住む子供達と出会い「アトム」と名乗り、自分の居場所を探すために彼らと暮らすこととなった。

日本への石油輸出協定を結ぶために日本へやって来たアラブ王国のキバラ大使の暗殺を狙う改造人間ヘラクレス。その行く手を阻まんとする仮面ライダーＸこと神敬介。この暗殺計画を知った少女さよことその母親をも巻き込んで、秘密組織ＧＯＤの悪の企みが進行する。果たして、仮面ライダーＸは、この危機を救うことができるのだろうか？

地球や人類の文化ついての情報を電波に乗せて、宇宙人との交流を図ろうとしていたプロジェクト。それを宇宙人が受信したものの、彼らは人類からの宣戦布告だと勘違いしてしまう。「パックマン」「ギャラガ」「ディグダグ」「ドンキーコング」「スペースインベーダー」と、送られた情報からテレビゲームについて知った宇宙人たちはそれらに出てくるキャラクターに姿を変えて地球を侵攻し始める。

国際救助隊のトレーシー一家が活躍する2065年。末っ子アランは兄たちのようにサンダーバードの一員にと願うが、父から許可の降りない毎日を送っていた。そんなある日、兄たちがいない間に一家の島が何者かに乗っ取られる。