近未来。人間とロボットが共存する巨大都市国家メトロポリスは、有力者・レッド公の超高層ビル“ジグラット”のオープンにわきたっていた。ところが、そのビルこそ世界征服を企むレッド公の野望の拠点となるべき城砦でもあったのだ。そして、その最上階に座るロボット守護神・ティマが、臓器売買、生体実験の罪で国際手配されているロートン博士の手によって今まさに完成されようとしていた。しかしその直前、ロートン博士はレッド公の養子で、世界の支配権をロボットに委ねることをよしとしないロックによって殺害され、研究所も破壊されてしまう。ただティマだけは、ロートン博士を追って日本からやって来た私立探偵・伴俊作の甥・ケンイチによって炎の中から助け出され、メトロポリスの地下へと逃げ延び、そして地下生活の中で、ティマとケンイチは人間として心を通わせるようになるのであった。しかし、レッド公の陰謀によって勃発した反ロボット革命派のクーデターに巻き込まれたふたりはレッド公の手に落ち、更にレッド公によって自分がロボットだと知らされショックを受けたティマは、全世界のコンピュータを支配する超コンピュータに変身すべく、自ら進んで超人の椅子に座した。だがその時、ティマを破壊しようとしたことを咎められ、レッド公によってジグラットを追放されていたロックがビルを爆破。全てが崩れ去る中、ティマも瓦礫の下敷きとなってしまう。ティマを失い愕然とビル崩壊現場を彷徨うケンイチ。そんな彼に、ロボットたちがティマの部品を集めてくれる。

ある日突然の事故に見舞われ、母サユリを亡くした少年・岩本サトル。彼はそのショックからリハビリを拒否し、車椅子で生活している。また事故以前から部屋に引きこもり、不登校を続けていた。

元々は軍事用ロボットだが、落雷によるショート・サーキット（回路不良）で感情を持ってしまったナンバー・ファイブ。以前は工場から逃げ出す騒動を起こしたが、今や人間たちにもなじんでジョニー5というニックネームで呼ばれる。NYでジョニー5のおもちゃを作って売っているベンはデパートで働くサンディの依頼を受け、おもちゃをひと月で1000体作ることに。そこに本物のジョニー5が現われ、おもちゃ作りを手伝うことに。

どこにでもいそうな11才の少年ジミー・ニュートロン。だがそんな彼はなんとIQ302の天才発明家でもあった。今、地球人の大人がタマゴ星の神ニワトラーの生け贄にされようとしている。この危機から地球を救うため、ジミーはロケットで出発。タマゴ星のガーボッド王に挑む。

冷戦時代、互いに敵対する国家のスパイとして戦ってきたグレゴリオとイングリッドは、やがて禁断の恋に落ち結婚、スパイを引退し、いまは二人の子どもたちとともに静かな日々を過ごしていた。そんなある日、グレゴリオとイングリッドは悪の組織の陰謀にはまり捕まってしまう。両親がスパイだったことを初めて知った二人の子どもカルメンとジュニは、悪の組織の真の狙いに気づく。当然のように、そんな二人にも悪の魔の手が迫っていた。二人は果たして悪の陰謀を阻止することができるのか。そして、無事両親を助け出すことに成功するのか？

平和な惑星であるアキーアが、残忍なサドルの宇宙軍に征服される。シャドという若者が宇宙船で逃れ、アキーア開放のために勇敢な戦士を探し、戦いに挑む。

最終戦争の結果、文明が崩壊した世界。人々が暮らす“オアシス”ではウォーロード（司令官）が率いる暴力集団“レイダース（侵略者）”が恐れられるが、“オアシス”の女王（クイーン）は難病に苦しみ、その息子プリンス（王子）は“命の寺”とされる伝説の町パラダイス・ビーチに難病の治療薬を求めて旅立つ。一方、ウォーロードは人間の美女にそっくりだが高い戦闘能力を持つアンドロイド、アッシュを手に入れてかわいがる。