『ここはどこ…？』――ソラが目を覚ますと、そこに広がっていたのは、ふしぎな世界…。 どうやらましろたちとはぐれちゃったみたい…。でも、そこでゆいとまなつと出会って、さらにプリムにも出会って、新しいお友達がいっぱい！なんと、プリムはキュアシュプリームに変身するよ！ ましろは、海に浮かぶ小島で、ローラやあまね、のどかと出会って、モンスターに襲われているプーカを救助！ ツバサは、さあややことは、はるかと出会って、空中庭園をお散歩！ あげはは、アスミとララとゆかりに出会うんだけど、ララとゆかりがうまくいかなくて大変！ たくさんのおともだちと出会ったけど、なぜかみんな記憶はあやふやで…。 しかも、この世界にいるのはプリキュアだけ…？ もとの世界に戻りたい！！手がかりは遠く彼方に見えるお城——。 さあ！ここから旅のはじまり！お城を目指して大冒険へレッツゴー♪

ヒカリのポケモンコンテスト挑戦のため、断崖の町・アラモスタウンを訪れたサトシたち。しかし町では、100年前の天才建築家・ゴーディにより設計された庭園が何者かに荒らされる事件が起きるなど、町全体で異変が続いていた。 犯人として疑われるポケモン・"ダークライ"。その頃、町の象徴である「時空の塔」で町の異変を調査していたトニオは、ゴーディの日記に記された予言を読み、「神」と呼ばれしポケモン・"ディアルガ"と"パルキア"にまつわる悪夢が町に近づいていることに気づく。