Japó, 1929. Chiyo, una nena de nou anys, és venuda pels seus pares per treballar a la casa de Geishas de Nitta Okiya. La seva germana major Satsu no és acceptada i és enviada a un prostíbul. A la casa Chiyo coneix Pumpkin, una altra nena que serà instruïda per ser geisha, així com les famoses geishes Hatsumomo i el seu rival Mameha. Els començaments de Chiyo són durs, però una trobada amb què serà l'amor de la seva vida, el President, farà que des d'aquell moment només vulgui convertir-se en una famosa geisha per estar més a prop seu.

Un sinistre personatge anomenat Blofeld vol provocar la Tercera Guerra Mundial. Aprofitant un llançament de míssils dels Estats Units i la Unió Soviètica, llança un coet que absorbeix els dos míssils i els du a la seva base. D'aquesta manera enfronta les dues potències fins al punt que el Servei Secret britànic decideix enviar James Bond a Orient, on sospiten que hi ha la base de Blofeld. Bond la localitza a l'interior d'un volcà inactiu. Blofeld el deté i li explica els seu plans. Però Bond aconsegueix escapar-se i dirigir un cos de comandos d'èlite japonesos per lluitar contra el conspirador.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…