人里離れた土地に住み、ヒビオルと呼ばれる布に日々の出来事を織り込みながら静かに暮らすイオルフの民。10代半ばで外見の成長が止まり数百年の寿命を持つ彼らは、“別れの一族"と呼ばれ、生ける伝説とされていた。両親のいないイオルフの少女マキアは、仲間に囲まれた穏やかな日々を過ごしながらも孤独を感じていた。ある日、イオルフの長寿の血を求め、レナトと呼ばれる古の獣に跨りメザーテ軍が攻め込んできてイオルフ一番の美女レイリアはメザーテに連れさられ、マキアが密かに想いを寄せる少年クリムは行方不明になる。マキアはなんとか逃げ出したが、仲間も帰る場所も失ってしまう。虚ろな心で暗い森をさまようマキア。そこで呼び寄せられるように出会ったのは、親を亡くしたばかりの“ひとりぼっち"の赤ん坊だった。

　宇宙世紀0079年1月23日、サイド５、ルウムでジオン、地球連邦の雌雄を決する戦いが始まった。圧倒的劣勢に追い込まれたジオンは、秘策である人型兵器「モビルスーツ」で編成した特別強襲大隊を投入し戦況を一気に逆転させ、大勝利を収める。なかでも、ジオン軍のシャア・アズナブルは、赤いモビルスーツ「ザクⅡ」で戦果を上げ少佐に昇進、"赤い彗星"の異名をとる。 　ルウム会戦後、地球連邦軍はジオンに反撃すべく"V作戦"を計画。その裏側で、サイド７の少年アムロ・レイは自ら行動し、新兵器「ガンダム」の秘密を探っていた。 　一方、地球の南極大陸でのジオン、地球連邦の両軍の高官がそろう早期和平交渉の場でルナツーから世界中にある声明が発信される…。

錬金術を使いこなす少年、エドワード・エルリックと、その弟であるアルフォンス・エルリックは、自身らの過去の過ちから失ってしまったものを取り戻す方法を探し、アメストリス国中を旅していた。 アメストリスの首都であるセントラルシティにある中央刑務所、そこにはメルビン・ボイジャーという名の囚人がいた。刑期終了を間近に控えていながら、メルビンは新聞のとある記事を読んだことをきっかけに脱獄する。メルビンの使いこなす未知の錬金術を目撃したエルリック兄弟は、その錬金術の詳細を知るために彼を追いかけ、西の大国・クレタとの国境の街・テーブルシティへと辿りついた。 かつては「ミロス」と呼ばれていたという、巨大な崖「デスキャニオン」に周囲を覆われたその街で、エルリック兄弟はミロスのレジスタンス組織「黒コウモリ」に属する1人の少女と出会った。ジュリア・クライトンというその少女の言葉に導かれ、兄弟はその地でかつて起こった惨劇、ミロスの民の過酷な歴史を知らされるのだった。

かつてツオル帝国は圧倒的な力でアカファ王国に侵攻したが、 突如発生した謎の病・黒狼熱（ミッツァル）によって帝国軍は撤退を余儀なくされた。 以降、二国は緩やかな併合関係を保っていたが、アカファ王国はウィルスを身体に宿す山犬を使って ミッツァルを再び大量発生させることで反乱を企てていた。 ミッツァルが国中で猛威を振るう中、山犬の襲撃を生き延びたヴァンは身寄りのない少女ユナと旅に出るが、 その身に病への抗体を持つ者として、治療薬開発を阻止したいアカファ王国が放った暗殺者サエから命を狙われることになる。 一方、治療薬を作るためヴァンの血を求める医師のホッサルも懸命にヴァンを探していた―― 。 様々な思惑と陰謀が交錯した時、運命が動き始める。