פיטר פארקר הוא תלמיד תיכון מרובע הננשך על ידי עכביש רדיואקטיבי והופך לאחד מגיבורי העל האהובים ביותר בכל הזמנים: ספיידר-מן. הוא יכול לטפס על קירות ותקרות, לירות קורים ממפרקי ידיו ולפתח חוש עכבישי המזהיר אותו מסכנות שמתקרבות. לאחר שדודו נרצח, הוא נשבע לעשות אתכל שביכולתו על מנת לנקום את מותו. באותו הזמן, איש העסקים והמדען נורמן אוסבורן נחשף לגז עצבים רעיל והופך להיות רשע בעל כוח עצום בשם "הגובלין הירוק". פיטר פארקר חייב להתמודד כעת עם שלושה דברים בחייו, עבודה חדשה בעיתון, הקרב עם "הגובלין הירוק" ועם אהבתו למרי ג'יין ווטסון, בה מעוניין גם חברו הטוב הארי אוסבורן, לא אחר מאשר בנו של "הגובלין הירוק". האם פיטר פארקר יוכל להתמודד עם הכל? האם ספיידר-מן יוכל לעשות זאת?
שנתיים חלפו מאז שפיטר פארקר עזב את אהובת לבו, מרי ג'יין ווטסון, והחליט לחיות את חייו כספיידרמן. הוא מנסה לשלב את כוחות העל שקיבל מעקיצת העכביש הרדיואקטיבי, יחד עם חייו כבחור צעיר המנסה להשלים את לימודי הקולג' שלו, למצוא עבודה ולשלם את שכר הדירה. מרי ג'יין, בינתיים, המשיכה את חייה. היא פצחה בקריירת משחק ויש לה גבר חדש בחיים. חייו של פארקר מסתבכים עוד יותר כשהוא נאלץ לעמוד אל מול אויב חזק וחדש, דוקטור אוטו אוקטביוס, מדען מטורף וקר לב שלגופו הולחמו ארבע זרועות מכניות.
עולם חדש ומלא בכאב. לאחר שנבגד ע"י גיבורי הארץ והוגלה לחלל החיצון, הענק הירוק מתרסק על כוכב מרוחק בשם סאקאאר, אשר נשלט ע"י עריץ בשם המלך האדום. לאחר שהוא נמכר לעבדות, ההולק נאלץ להילחם על חייו והופך להיות גלדיאטור מטיל אימה, אך בעליו יקבלו יותר ממה שהם שילמו עליו מכיוון שההולק לא עומד להתקפל ולמות. הוא מוביל את חבריו הגלדיאטורים לחופש ובדרך הופך להיות המושיע של הכוכב.
איירון-הארט, הידועה בשם רירי וויליאמס, מתקשה להסתגל לחיי המכללה כסטודנטית הצעירה ביותר שם ואז מעבדת ההנדסה של המכללה נהרסת על ידי חייזר שחוטף את חברתה הטובה ביותר. בהשראת איירון מן היא מפתחת תוכנית להציל את חברתה. בספיישל מופיעים גם איירון מן ודמות חדשה בשם A.M.I.
העלילה מחזירה אותנו לתחילת הסיפור של איש העכביש: הוריו של פיטר פרקר נטשו אותו כשהיה ילד, והוא נאלץ לגור אצל דודו, בן, ודודתו מאי. במקביל לסיפור האהבה הראשון שלו, עם הנערה גוון, הוא מוצא מזוודה מסתורית ששייכת לאביו ויוצא לבדוק את נסיבות היעלמותם של הוריו - מסע שמוביל אותו למעבדתו של ד"ר קורט קונורס, שותפו של אביו, שבעיתות אחרות הוא נלחם כספיידרמן בפנים האחרות שלו, הלטאה.
דוקטור סטריינג' וצוות המפלצות עוזרים להאלק להתגבר על החלומות שלו על מנת שיוכל לנצח את יריבו המר "הסיוט", השולט על מימד החלומות. במאי: מיטש סצאואר.
פיטר פארקר מצליח סוף סוף למצוא את האיזון בין מסירותו לאהובתו מרי ג'יין לבין חובותיו כגיבור על. אבל, ענני סערה מתאספים באופק. החליפה המפורסמת של ספיידרמן משתנה לפתע, הופכת לשחורה משחור, מגבירה את כוחותיו ואף משנה אותו עצמו. תחת השפעת החליפה השחורה פיטר הופך ליהיר ובטוח יתר על המידה, ומתחיל להזניח את אלה היקרים לו מכל. כששני הנבלים, סאנדמן ווונום צוברים כוח אדיר ומתכננים נקמה, הקרב הגדול ביותר של פיטר פרקר יהיה בתוך תוכו. ספיידרמן יצטרך לגלות בעצמו מחדש את החמלה שעשתה אותו למי שהוא: גיבור.
בעקבות שיבוש ניסוי במעבורת חלל ארבעה אנשים זוכים לכוחות על והופכים לגיבורים ואילו החמישי - לאויבם המושבע. ריד ריצ'ארד, ממציא ומנהיגם של ארבעת המופלאים זוכה להפוך לאיש הגומי. בת זוגתו סו סטורם מסוגלת להיות בלתי נראית וליצור סביבה מגני כוח. אחיה הצעיר ג'וני סטורם הוא לפיד אנושי המסוגל לשלוט באש ולהפוך ללפיד אש מעופף. הטייס, בן גרים, נהפך לאיש אבן בלתי מנוצח הנקרא "הדבר". ביחד הם נלחמים בחברם לשעבר ויקטור וון דום שהופך לדוקטור דום המרושע.
איירון מן והענק הירוק משתפים פעולה בסרט החדש של מרוול, שנעשה באנימציה חדשנית. איירון מן והענק הירוק נאלצים לשלב כוחות נגד רשע הניזון מחשמל וצבא הרובוטים שלו.
אחרי הניצחון הזמני על דוקטור דום, ארבעת המופלאים דוקא די מרוצים מהחיים - עד שמגיע לכדור הארץ הגולש הכסוף, שליח מסתורי שזורע הרס ושואף להרוס את כדור הארץ. עכשיו צריכים ארבעת המופלאים לא רק להתעמת עם הגולש הכסוף אלא גם לפתור את החידה שמאחריו וגם להתמודד עם חזרתו מהמתים של אויבם, דוקטור דום.
בעקבות ניסויים כושלים, החוקר ברוס באנר הופך לענק ירוק-עור, חזק ופראי בכל פעם שהוא מאבד שליטה על רגשותיו.