地球外生命体のシンビオートは、ジャーナリストのエディ に寄生したものの、食欲を制限されてストレスを溜め込んでいた。そんな折、未解決事件を追うエディは、刑務所に収監中の死刑囚クレタス・キャサディ と再会する。猟奇殺人を繰り返し、死刑執行が迫るクレタスは突然エディの腕にかみつき、彼の血液が普通の人間とは違うことに気づく。

愛する家族をギャングに惨殺され、闇のヒーロー、パニッシャーとなった男フランク・キャッスル。彼はギャングの大物ルソッティを新たな標的に定め、そのアジトを襲撃するが、銃撃戦の中でFBIの潜入捜査官を誤殺してしまう。痛恨のミスに苦悩するフランクは、パニッシャーとしての自らの存在を自問する。一方、顔をズタズタにされながらも命を取り留めたルソッティは、ジグソウと名を変え、パニッシャーへの復讐を決意していた。

ある日、世界中で連続的な怪現象が発生した。日本では駿河湾が凍り付き、エジプトでは突然の吹雪。さらにロサンゼルスでは大停電が起こった。しかし、アメリカ国民はそのニュース以上に「ファンタスティック・フォー（FF）」のビッグなカップル、リードとスーの結婚の話題で盛り上がっていた。世界各地で起こる怪現象に興味をそそられながらも、愛するスーのために平静を装うリード。そんなリードを見かねたジョニーは、ベンと共にリードのバチェラー・パーティーを開いた。独身最後の夜を楽しむリードだったが、そんな彼に米軍のヘイガー将軍から要請が下る。怪現象が起きた場所の上空で観測された謎の閃光を調査してほしいと言うのだ。是が非でも依頼を受けたいリードだったが、その場にスーが居合わせたため、彼女に秘密で調査を進めることになった。

移動サーカスのオートバイスタント芸人だった17歳のジョニー・ブレイズは、肺癌が全身に転移して死に瀕した父親を治すことを条件に、悪魔：メフィストと契約を結んだ。しかし父親は健康な体になった直後に事故死。悲嘆にくれるジョニーは、サーカスも恋人のロクサーヌも捨てて旅に出る。それから13年が過ぎ、不死身のバイクスタントとして名声を得ていたジョニーは、ケーブルテレビのレポーターとなったロクサーヌと再会する。