Durant la visita a la germana petita de la Vilma, la Madelyn, que estudia a l'acadèmia de màgia d'en Whirlen Merlin, en Shaggy, l'Scooby-Doo i tota la colla s'hauran d'enfrontar a molt més que un conill que surt d'un barret. Un ambiciós magnat dels gelats vol comprar el castell on hi ha l'acadèmia, on es passegen un esperit que fa posar els pèls de punta a tots, i el griu, un ésser mitològic meitat drac meitat lleó, que sembla molt real. En Shaggy, l'Scooby, la Daphne, en Fred i la Vilma aprendran els trucs per descobrir tots els secrets i salvar l'acadèmia.