CŽV agentas Ethanas Huntas priklauso ypatingai komandai, kuri siunčiama ten, kur, atrodo, misija neįmanoma. Gauti duomenys, kad atsirado dviem šalims dirbantis agentas, kuris pasirengęs perduoti priešams diskelį su Europoje veikiančių CŽV agentų sąrašu. Agentų komanda siunčiama į Prahą. Tačiau operacija žlunga, visi agentai išžudyti. Gyvi lieka Etanas ir Kler, kurie įtariami išdavyste. Etanui lieka vienintelė išeitis - rasti tikrąjį išdaviką ir sunaikinti diskelį.
Trečia dalis tęsia stulbinančios sėkmės sulaukusio veiksmo filmo „Neįmanoma misija“ istoriją apie pavojingas specialaus agento Etano Hunto užduotis.
Buvęs slaptasis agentas Šonas Embrauzas pagrobia mirtinai pavojingo viruso atsargas. Jis nori šiuo virusu apkrėsti visą pasaulį. Kyla mirtinas pavojus tūkstančiams niekuo dėtų žmonių. Sustabdyti piktadarį turi Etanas Hantas su savo komanda: kompiuterių genijumi Liuteriu Stičelu, agentu Biliu Beirtu ir žavia avantiūriste Naja. Ši mergina kažkada buvo Embrauzo meilužė, o dabar visai ne kolegiškus jausmus jai ima jausti ir agentas Hantas. Mirtini priešai tampa varžovai ir dėl moters. Agentų komanda keliaus žemynais, atliks neįmanomas užduotis, gelbės žmoniją, o Etanui teks rinktis tarp meilės ir pareigos.