人々が謎の闇によって次から次へと命を奪われ、社会が崩壊してから5年。ここまで生き延びてきた母親は2人の子供を連れて、見えない恐怖と戦いながら安住の地を目指す危険な旅に出る。

皇帝直属の特務機関“神侯府”の秘密捜査官、“四大名捕”の冷血らは偽金事件を解決。しかし、事件の黒幕・安世耿の父親である安雲山の絶大な超能力により、安世耿は樹木と同化し復活していた。さらに安雲山は、神侯府を率いる諸葛正我に変身し、首都警察“六扇門”の隊長・柳を亡き者にする。

15歳で大学に入った天才少年の愛と冒険をコミカルに描く。

愛する家族をギャングに惨殺され、闇のヒーロー、パニッシャーとなった男フランク・キャッスル。彼はギャングの大物ルソッティを新たな標的に定め、そのアジトを襲撃するが、銃撃戦の中でFBIの潜入捜査官を誤殺してしまう。痛恨のミスに苦悩するフランクは、パニッシャーとしての自らの存在を自問する。一方、顔をズタズタにされながらも命を取り留めたルソッティは、ジグソウと名を変え、パニッシャーへの復讐を決意していた。

巨大な河のほとりで、人類は目覚めた。地球に生まれ、死んでいった者全てが、過去の記憶を持ったままその河辺で蘇った。まさに宗教入っちゃいました系な復活だったが…河岸には謎の物質生成機が点々と設置され、そこから生成されたのは弁当とタオル地の服。どうも何者かが怪しい目的で皆を「製造」したらしいのだ。かくて野蛮で猥雑な人類の歴史が、未知の河のほとりで再開された。そんな折、元宇宙飛行士のジェフは「蒸気船を建造して源流まで冒険しよう」という男に出会う。そこには彼らを作った超文明人たちがいるはずなのだ…。