De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.

Agenten Kay en Jay zijn lid van een top-secret organisatie die in het leven is geroepen om de buitenaardse wezens op aarde in de gaten te houden. Als een buitenaardse terrorist dreigt enkele zonnestelsels te vernietigen, moeten ze in actie komen.

In 480 voor Christus geeft de koning van Sparta leiding aan de slag om Thermopylae. Hij gaat hier samen met zijn troepen de strijd aan tegen de opkomende Perzen. Deze confrontatie zal leiden tot 's werelds eerste democratie.

De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.

Over vijftig jaar sterft de zon af en daarmee de hele mensheid op Aarde. Onze laatste hoop rust op het ruimteschip Icarus II, dat de opdracht heeft gekregen een explosie in de zon te veroorzaken, wat hem nieuw leven inblaast. De eerste Icarus-missie is misgelopen omdat het schip spoorloos verdween en ook Icarus II verliest contact met de Aarde. Langzamerhand blijkt er meer aan de hand te zijn met hun missie en moet iedereen moeite doen niet krankzinnig te worden.

Gigantische buitenaardse schepen komen richting de aarde, en hangen boven enkele grote steden. Nadat een poging tot communicatie met de aliens tot niets leidt, komt David Levison er achter dat de aliens in minder dan een dag aan zullen gaan vallen.

Peter Pan is inmiddels volwassen en gaat door het leven als Peter Banning. Hij is advocaat met een drukbezette agenda en een klein beetje overgewicht. Peter is al lang vergeten dat hij ooit Peter Pan was, de jongen die kon vliegen en nooit zou opgroeien. Wanneer hij voor een galadiner naar Londen moet, worden zijn kinderen gekidnapt door de beruchte Captain Hook. Om zijn kinderen te redden moet Peter Pan, met behulp van de Lost Boys (die hem weer leren hoe hij moet leven en vliegen), terugkeren naar Neverland. Peter Pan wordt bijgestaan door Tinkerbell, die kleine fee die haar hart aan Peter Pan heeft verpand. Bob Hoskins is Smee, Hook's rechterhand in piraterij en plunderij.

Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.

Er is vier jaar verstreken sinds de agenten een grote ramp hebben weten te voorkomen, en Kay is sindsdien begonnen aan een simpel burger-leven. Jay, die nog steeds voor de overheidsinstelling Men In Black werkt, ontdekt dat het Kylothiaanse monster Serleena, vermomd als lingerie-model, een kwaadaardig plan heeft gesmeed. In een race tegen de klok moet Jay zorgen dat Kay weer terug keert naar zijn oude baan, ondanks dat hij zich hier niets van herinnert, om zo samen de vernietiging van de Aarde te voorkomen.

Logan en Victor zijn broers en tevens mutanten met bijzondere gaven. Nadat ze als soldaten worden gearresteerd, vraagt kolonel William Stryker het tweetal voor een bijzondere opdracht met een speciaal team van mutanten. Ze besluiten het te doen, maar op een gegeven moment stapt Logan op, om een vredig leven te starten. Als Logan een aantal jaren later echter wordt geconfronteerd met zijn gewelddadige broer Victor, besluit hij opnieuw met Stryker in zee te gaan. Stryker maakt van hem een uitzonderlijke mutant, sterk genoeg om Victor te verslaan. Wolverine is geboren.

Wanneer New York City wordt bedreigd, is de hulp van de Turtles meer dan welkom. Maar Raphael, Donatello en Michelangelo weten niet meer wat zij moeten doen. Het is nu aan Leonardo en zen-meester Splinter om hen weer op het juiste pad te krijgen en de Ninja Turtles in ere te herstellen.

De Silver Surfer komt de aarde bezoeken, wat betekent dat aarde een ramp tegemoet kan zien. Terwijl deze Silver Surfer over de wereld rondraast en overal waar hij komt chaos en vernietiging achterlaat, komt het Fantastic Four team in actie om hem tegen te houden en tevens de terugkeer van hun aartsvijand Dr. Doom tegen te gaan.

Om zijn stervende vader te redden, verkoopt motorstuntman Johnny Blaze zijn ziel aan Mephistopheles. Maar de duivel misleidt hem en zijn vader sterft alsnog. Gedesillusioneerd verlaat Johnny de stad en laat zijn hele leven, waaronder zijn vriendin Roxanne, achter zich. Jaren later is Johnny een beroemde motorstuntman waarbij hij zijn leven willens en wetens in de waagschaal legt voor zijn stunts.