無実の罪で投獄された男ビンセント・バリーは、サンクエンティン刑務所を脱獄。無実の罪で獄死した父を持つ女性アイリーンの助けを借り、顔まで変えて真犯人に近づいていくが・・・。

アメリカ中西部の小さな町に人工衛星が墜落。機体に付着した未知のウイルスが原因で、住人は生まれたばかりの赤ん坊と、アル中の老人を除いて全滅。遺体の血液は全て粉末状に変化していた。細菌汚染の拡大を恐れた軍部は、科学者の中から各分野のスペシャリストを召集。ストーン博士をリーダーとする研究班を組織して、砂漠の地下施設へと送り込むが・・・。

第二次世界大戦中の1943年、フィラデルフィア港でアメリカ海軍によるある極秘実験が行われようとしていた。“フィラデルフィア計画”と呼ばれるその実験は、敵のレーダーから消え、味方の船を探知されないようにするというものであった。その実行役となった水兵のデビッドとジムが実験機械のスイッチを入れた途端、実験の舞台である駆逐艦エルドリッジはレーダーのみならず、実際に海上からも姿を消してしまった。艦はしばらくして再び出現したが、艦内では乗組員が大火傷を負ったり、艦の壁や甲板に身体がめりこんだりしており、デビッドとジムは姿を消してしまっていた。

サンフランシスコの米軍基地プレシディオで起こった殺人事件。事件解決に向け軍と市警察が協力体制で臨むのだが、そのコンビが問題で……。ショーン・コネリー演じる中佐の娘役はブレイク直前のメグ・ライアン。

拳銃密売を手掛けるキャットは短気な情夫アルとアウトローな人生を送っていた。ある日、キャットは秘密裏に進めた密売が引き金となり、アルに手酷い暴力を振るわれる。キャットは意を決しそんなアルへの復讐に乗り出す。

最初は、ジュリア（ローラリーガン）は、友人のビリー（ジョンアブラハムズ）が子供として持っていた恐ろしい悪夢について、彼女が「彼ら」に注意することを勧めながら、絶えず黙想することを真剣に受け止めません。 しかし、賢い女の子であるジュリアは、彼女の魅力的なボーイフレンドポール（マークブルーカス）だけに興味を持ち、勉強を終えています。 彼女が悪夢を見て、影に奇妙な形を見ると、彼女は子供の頃の恐怖から戻ってきた乗客にそれを責めます。 一方、ビリーの友人の2人、サム（イーサン・エンブリー）とテリー（ダグマラ・ドミンチク）は、ビリーの不安は十分に根拠があり、恐ろしい何かが起きようとしているという感覚を揺るがすことができないと信じ始めます。 突然、ビリーを恐怖に陥れるモンスターが現実のものとなり、ジュリアは心配して彼女の恐ろしいビジョンについて語ります。 その瞬間から、ポールを含む誰もが彼女がおかしいと疑い始めます。