‘에반게리온’ 신극장판 시리즈의 제4부이자 완결편 미사토가 이끄는 반네르프 조직 ‘빌레’는 코어화로 붉게 물든 파리 구시가에 있다. 기함 AAA 분더에서 선발대가 강하하여, 남겨져 있던 봉인주에 안착한다. 복원 작전의 작업 가능 시간은 고작 720초. 결사의 작전 수행 중 ‘네르프’의 EVA가 대량으로 무리를 이루고 접근하여, 마리의 개(改) 8호기가 요격을 개시한다. 한편 신지, 아스카, 아야나미 레이 (가칭) 세 사람은 일본의 대지를 떠돌고 있다…….

2201년, 지구를 위기에서 구한 야마토의 자리를 안드로이드메다가 대신한다. 어느 날, 먼 우주로부터 SOS 메시지가 도착하고 야마토는 백색혜성제국을 막아내기 위해 테레자트로 출항한다!

우주세기 0074년. 텍사스 콜로니를 떠난 에드와우 마스는 신분을 속이고, 샤아 아즈나블로서 지온 자치공화국 국방군 사관학교에 입학한다. 동기인 자비가의 막내아들 가르마 자비와 친교를 쌓는 샤아. 이윽고 두 사람은 다른 학생들로부터도 주목받는 존재가 되어갔다. 그리고 우주세기 0077년, 드디어 학생들은 독립을 위하여 지구연방군 치안기지를 향해 무장봉기한다. 하지만, 그것은 샤아의 복수를 위한 장대한 시나리오의 막을 올리는 것이었다. 지금, 역사의 수레바퀴가 돌아가기 시작한다!

세컨드 임팩트의 충격으로 인류의 절반이 사망한 지구. 어린 시절부터 떨어져서 지낸 아버지 겐도의 갑작스런 호출을 받은 14살 소년 신지는 도쿄 제 3지구로 올라오게 된다. 그 곳에서 자신이 정체불명의 적 사도의 공격에 대항하기 위해 개발한 생체 전투병기 에반게리온 초호기의 파일럿으로 선택되었다는 사실을 듣게 된 신지. 운명을 피해보려 하지만 결국 명령을 거역하지 못하고 탑승하게 된다. 본인의 의지에 상관없이 주변의 기대에 부응하기 위해 파일럿이 된 그는 전투에 에바 0호기의 파일럿이자 제1의 소녀 레이를 만나게 되는데...

문명의 극치, 메르토폴리스는 '지구라트'를 완공시키면서 대대적인 축제를 벌인다. 이 도시의 실질적인 지배자나 다름없는 레드 공은 '지구라트' 완공식에서 이제 우리 인류의 문명은 마침내 천상에 이르게 되었다면서 국민적인 지지를 강요한다. 그러나 그는 생체조직을 이용한 인조인간 실험으로 인해 국제적인 현상수배자가 되어 버린 로톤 박사를 이용해 자신의 죽은 딸과 닮은 '티마'라는 완벽한 인조인간을 비밀리에 창조해 내며, 더욱 확고한 세계 지배를 꿈꾼다. 한편, 레드 공의 양아들이자 반 로봇 과격단체인 마르두쿠 당의 열성당원인 로크는 '티마'의 탄생을 반대하며, 로톤 박사의 실험실을 파괴해버린다. 때마침 수배자인 로톤 박사를 쫓던 사설 탐정 반과 조카 켄이치는 화염에 휩싸인 로톤의 실험실에서 완성된 티마를 만나게 된다. 삼촌 반과 헤어지게 된 켄이치는 티마와 함께 영문도 모른채, 로크에게 쫓기게 된다. 켄이치로부터 말과 삶을 배우던 티마는 자신이 로봇인지도 모른채 켄이치로부터 인간적인 정을 느끼게 된다. 자신의 정체성을 찾는 로봇 티마와 인간 케이치의 사랑은 쉽게 이루어질 수 있을까...

2059년, ‘마크로스 프론티어’는 미지의 생명체 ‘바쥬라’의 공격을 받고 치열한 사투를 벌인다. 그로부터 몇 개월 후, 란카 리는 스타가 되어가고 셰릴 놈은 마지막 목표를 향해 나아간다. 사오토메 알토는 발키리 파일럿으로 성장하지만, 이들의 평화로운 일상은 오래가지 않는다.

소혹성 충돌로 인류의 문명이 멸망하고 지구의 대부분이 맹독에 의해 침식되어 살아남은 인류는 오염을 피해서 척박한 해륙으로 도주하여 각자의 지역 세력을 구축하며 살아간다. 맹독이 낳은 정체모를 괴물 시노비의 습격이 끊이지 않으면서, 각 지역은 각자의 세력을 구축하면서 시노비와의 싸움을 계속해 간다. 시노비에 의해 멸망한 나라 이세의 공주무녀로서 궁극의 병기(메카닉) 기신장(기가로드) 를 찾아 떠나는 여정. 여행중 시노비에 대항할 생체병기 야규유의 생존자 소년 스오우를 만나면서 이들은 기신장(기가로드)를 찾으러 길을 나서는데...

마징가Z가 악의 과학자 닥터 헬(Dr. Hell)과 그가 이끄는 지하제국의 세계정복의 야망으로부터 지구를 구한 뒤 10년이 지난 뒤, 코지는 자신의 할아버지(카부토 쥬조), 아버지(카부토 켄조)의 뒤를 이어 과학자의 길을 걷고 있다. 이런 가운데 코지는 후지산 인근 지하에서 정체불명의 초거대 유적 '인피니티'와 그로부터 나온 수수께끼의 생명체 '리사'와 조우하고 이와 때를 같이해 닥터 헬과 그가 이끄는 기계수(機械獸)들이 다시 모습을 드러낸다. 코지는 마징가Z와 함께 또 다시 지구를 구하기 위한 싸움에 나선다.

생명의 비에 울고, 운명의 바람에 웃어라― 보르키스 대대의 위협에 쫓기는 가운데, 시귄은 라이가트의 귀환을 믿으며 델핑의 신병기를 단련하여 완성시킨다. 마침내 시작된 비논텐에의 총공격이 한창일 때, 델핑은 신형 장갑을 장착, 최종형태로 변모한다. 친구와 만나고, 함께하는 시간을 소중히 하며, 이윽고 찾아온 이별, 죽음― 지나간 시간은 되돌릴 수 없고, 결판을 지을 수 밖에 없다. 모든 인간들의 마음을 등에 지고 라이가트는 보르키스와의 최후의 싸움에 나선다.

중학생인 나가미네 미카코와 테라오 노보루는 서로 좋아하는 사이다. 그러나 미카코는 국제 연합군 선발대의 멤버가 되고, 노보루는 평범한 고등학교에 진학한다. 미카코와 노보루 각자 지구와 우주에서 휴대 메일을 통해 서로 연락을 주고 받지만 우주군 전함 리시테아호가 목성 에우로파 기지를 경유해 태양계 안쪽으로 향하면서 메일이 왕복하는 시간은 점점 길어진다. 지구에서 미카코를 기다리고 있는 노보루는 초조하게 미카코의 메일을 손꼽아 기다리며 지낸다. 그러나 이윽고 리시테아 함대가 워프를 실시하자, 미카코와 노보루의 시간은 엇갈리고 마는데...

땅 속에서 화석연료가 나지 않는 세계, 크루존 대륙. 그 곳에 살고 있는 사람들은 누구나, 개인차는 있지만 태어날 때부터 ‘수정’을 자유롭게 조종할 수 있는 ‘마력’을 가지고 있고, 그들은 크루존 대륙의 유일한 동력원 ‘수정’을 이용하여 빛과 연료, 기계의 동력 등으로 활용하고 있었다. 그 속에서 ‘마력을 지니지 못하고 태어난 존재’ 라이가트는, 학우이자 국왕이기도 한 호즐에게 소환되어 왕도로 향하고, 거기서 놀랄만한 사실을 알게 되는데..! 어린 시절, 함께 배우며 견고한 우정으로 이어져있던 라이가트, 제스, 호즐, 시귄. 전쟁의 소용돌이는 가차없이 그들을 삼켜버리고 만다.

NASA는 거대 유인원 아브라함을 모델로 힘과 규모에서 아브라함에 버금가는 기계 유인원을 설계한다. 하지만 첫 번째 실험 결과가 좋지 않게 나오자 미 국방성에서는 난폭한 기계 유인원을 막기 위해 감옥에 갇힌 아브라함을 석방하도록 지시한다. 한편 볼로드레츠카 외국 정보부는 기계 유인원에 핵탄두를 부착해 기계 유인원의 시스템을 교란시켜 미국 시카고를 날려버릴 계략을 꾸민다. 이를 막기 위해 NASA의 관계자들은 아브라함과 소통하는 방법을 통해 기계 유인원을 막으려 하는데....

우리들은, 같은 미래를 걸을 수 있을 거라고 믿고 있었다. 친구 호드르의 나라를 지키기 위해, 크리스나 군에 정식으로 입대한 라이가트. 그런 가운데 가이가트의 골렘, 델핑의 개조도 함께 진행된다. 리를 잃은 왈키우레스 부대는 복수를 꾀하고, 비논텐 제 3차 공격의 준비를 진행한다. 그 움직임을 감지하고 반격에 나서는 크리스나 군. 전장에서의 살인을 각오하지 못한 채 제스가 모는 에르테미스에 돌격하는 가이가트. 한편 아테네스에서는 “전쟁의 천재”라 불리우는 보르키스 장군이 움직이기 시작하고 있었다.

아라칸 황야에서 격돌한 발드와 보르키스의 대대는, 서로에게 방대한 피해를 입고 부득이 하게 일시 후퇴 할 수 밖에 없게 된다. 점점 어려워지는 상황 속에서, 적의 부대 일부가 라이가트의 고향을 공격하려 한다는 정보를 입수한다. 동생을 구하기 위해, 모두의 제지에도 불구하고 단독행동에 나서는 라이가트였지만, 마을은 이미 공격 당한 후였다. 게다가, 마을에는 보르키스 대대가 진을 치고 기다리고 있었는데, 아테네스군 최강의 골렘 휴케리온 대 델핑의 일대일 승부가 시작된다.

시가전 및 대 테러전을 상정하여 개발된 자위대의 인간형 기동병기 마독스-01. 각국의 군사 전문가들을 초빙하여 벌인 데몬스트레이션에서 최신형 전차 3대를 상대로 압도적인 전투력을 선보여 관계자들을 놀래키게 된다. 더군다나 마독스를 조종한 이는 이 병기의 소프트웨어 개발담당이기도 한 여성 개발자 카스모토 에리코. 하지만 데모전투에서 마독스에게 굴욕을 당한 전차 시뮬레이션 담당자 킬고어 중위는 마독스에게 필요 이상의 적개심을 품게 된다. 한편, 데몬스트레이션이 끝나고 마독스를 이송중이던 자위대 트럭이 앞서 달리던 승용차의 운전부주의로 그만 고가도로에서 큰 사고를 내고 만다. 커다란 폭발과 함께 마독스가 실린 컨테이너가 그만 고가 도로 아래에 주차되어 있던 카센터 트럭에 떨어지고 만다. 카센터 직원인 오노세는 난생 처음보는 이 컨테이너를 같은 카센터에서 아르바이트 중이던 메카닉 마니아 코지에게 알리고, 뭔가 재미있는 물건이라는 것을 직감한 코지는 마독스의 컨테이너를 자신의 집으로 가져가게 되는데...