Totoro on kunnianosoitus luonnonvoimille. Tarina etenee uuteen kotiin ja läheiseen metsään tutustuvien 10- ja 4-vuotiaiden tyttöjen näkökulmasta. Totoro jakaa hyvää mieltä omapäisesti ja mielivaltaisesti. Totoro on kuin säätila, mahdoton ennustaa. Sen mukaan on vain elettävä. Sen viehätysvoimaa ei voi kiertää eikä väistää. Totoro on maailmanlaajuinen ilmiö. Kerrankin elokuva, joka sopii taatusti kaiken ikäisille.
Tarina kertoo Ponyosta, pienestä meren kalasta joka tekee kaikkensa toteuttaakseen unelmansa. Hän haluaa elää maalla Sosuke-nimisen pojan kanssa. Ponyo rantakalliolla sijoittaa Hans Christian Andersenin Pienen merenneidon tarinan nyky-Japaniin. Se on tarina lapsuudesta, rakkaudesta ja merestä.
Turvallisuusosasto 9:n agentti Batou ryhtyy selvittelemään kollegansa kanssa robottien tekemien murhien sarjaa. Kolme vuotta aikaisemmin kadonneen työtoverin haamu vaivaa yhä Batoun ajatuksia.
Ankanpoikasen perhe alkaa vieroksumaan häntä, koska hän ei ole kuin muut ankanpoikaset. Muut linnut ja eläimet eivät myöskään hyväksy häntä. Kaikki kuitenkin muuttuu, kun kaunis joutsen emo päättää adoptoida ankanpoikasen.