西暦２０１５年。白鳥座宙域で航行中であった「るくしおん」艦隊が、謎の宇宙怪獣の襲来により全滅した。それから６年後、宇宙怪獣の襲来に備えて沖縄に、宇宙パイロット養成学校「沖縄女子宇宙高等学校」が設立された。その生徒の中に「るくしおん」艦長の娘、タカヤノリコの姿があった…。「私もいつか宇宙パイロットになって、父のいた宇宙に出る！」　　厳しいコーチの特訓の中で、メキメキを才能を発揮していくノリコ！　今、パイロットのトップになるための、そして地球を守るための、辛く険しい戦いの幕が上がる…！！

サムは地球で必要なエネルギー源を採掘するため、3年間で月にたった一人で滞在する仕事に就く。地球との直接通信は許されず、話し相手は1台の人工知能コンピュータだけの環境だったが、任務終了まで2週間を残すある日、サムは自分と同じ顔をした人間に遭遇する。

「失敗ばかり」「なにもしない軍隊」と揶揄され、世間に落第軍隊として見下されているオネアミス王立宇宙軍。宇宙軍士官・シロツグ・ラーダットは、欲望の場所でしかない歓楽街で献身的に布教活動を行う少女・リイクニ・ノンデライコとの出会いをきっかけにそれまでのその日暮らしの自堕落な生活を捨て、宇宙戦艦という名目の人類初の有人人工衛星打ち上げ計画に参加し宇宙を目指すことになる。 厳しい訓練や多額の税金・裏金を使う宇宙開発の意味、開発スタッフの事故死、敵国「共和国」からの刺客、リイクニとの気持ちのすれ違いを乗り越え精神的に成長していくシロツグの姿を描く。

人類初の有人火星探査となる宇宙船カプリコン1号が打ち上げられることになった。しかしその打ち上げ数分前、三人の乗組員のブルーベイカー、ウィリス、ウォーカーは管制スタッフや見物客などに見つからぬように船内から連れ出され、砂漠の真ん中にある無人の古い基地へと連れていかれる。ロケットが無人のまま打ち上げられているとき、三人には本計画の責任者であるケラウェイ博士から、事情の説明と新たな指令がくだされる。

新しい仲間とともにウッディ達は楽しい日々を過ごしていた。そんなある日、アンディの部屋にビデオが届く。ウッディ達は早速スイッチオン。見てみるとそれはバズが主演のビデオだった。 バズは仲間のワープと共にリトルグリーンメンを探しに星にいた。しかし、相棒のワープはザーグによって殺されてしまった。

2157年の深宇宙、マクシムは、自由調査団の宇宙船パイロットを務めていたが思わぬ隕石事故に遭う。未知の惑星に不時着するも宇宙船は大破してしまう。やがて彼は、その惑星が軍事独裁政権「匿名の父たち」に支配され、政府の設置した防衛塔が放つ特殊光線によって国民がマインドコントロールされていることを知る。そんな現状を目の当たりにし、マクシムは自らの命を投げ打つ覚悟で政府に戦いを挑む。