1942년, 인도네시아 자바 섬의 레바크 센바타 일본군 포로수용소. 영국 육군 중령으로 포로인 존 로렌스는, 급한 일이 있다며 이른 아침에 갑자기 자신을 깨운 하라 겐고 중사와 함께 어디론가 나간다. 나가보니 도열한 병사들 앞에는 웃통을 벗고 상처투성이로 묶여 있는 두 명의 남자가 쓰러져 있었다. 한 사람은 네덜란드군 포로 드 용이었고, 또 한 사람은 일본군의 조선인 군속 가네모토였다. 하라는 로렌스에게, 드 용이 바나나를 훔치다 걸려서 독방으로 갔으며, 가네모토가 몰래 드 용의 독방에 숨어들어 그를 범한 것이라고 이야기해주는데…
제2차 세계대전 당시 미국은 일본과의 전투를 승리로 이끌어내기 위해 새로운 암호 체계를 만들어낸다. 미군이 선택한 것은 나바호 인디언의 복잡한 언어였고 나비호족의 도움으로 미군은 결국 누구도 해독할 수 없는 암호체계를 완성하는 데 성공한다. 미군의 교육을 받은 나비호 족은 사이판 전쟁에 투입되고 조 엔더스(니콜라스 케이지 분)는 나비호 족을 보호함과 동시에 비상사태시 그들을 죽여서라도 암호를 지켜야하는 임무를 부여 받는다.