Han passat tres anys i Batô segueix a la Secció 9. El record de la comandant Kusanagi no l'abandona. Ara ha d'investigar el cas d'una robot femenina destinada al plaer, que ha assassinat el seu propietari.
La Ran Mouri i la seva amiga, Sonoko, viatgen a Singapur per animar Makoto Kyogoku, el karateka de les 400 victòries i cap derrota, que participa en un prestigiós torneig d'arts marcials. En Conan no hi pot anar, perquè no pot sortir del país. Tot i així, en Kaito Kid, el lladre professional, el segresta, perquè vol esbrinar el secret d'un tresor llegendari.