西国（ウェスタリス）の凄腕スパイ「黄昏」ことロイド・フォージャーのもとに、進行中のオペレーション「梟（ストリクス）」の担当者を変更するとの指令が届く。一方、アーニャが通うイーデン校では、優勝者に「星（ステラ）」が授与されるという調理実習が実施されることに。ロイドは少しでもオペレーション「梟（ストリクス）」が進展していることを示し、現状の任務を継続できるよう交渉する材料にするため、どうにかアーニャに星を獲得してもらおうと考える。そこで、ロイドは調理実習の審査員長を務める校長の好物だというフリジス地方の伝統菓子を作ることをアーニャに提案。一家は本場の味を確かめるべく、フリジス地方へ旅行に出かけるが……。

秘密諜報員イーサン・ハントの仲間は次々に傷つき、自らも負傷した。にもかかわらず、ハントは二重スパイの汚名を着せられる。追跡者から逃がれ、厳重な警備のCIAの金庫室に忍び込み、疾走する列車の屋根にしがみつき、ハントは独力で事件の謎を解明しようとする。やがて驚くべき真相が明らかに…。

CIAの分析官として働くスーザンは、ワシントンD.C.にあるオフィスから現場の状況を分析し、パートナー捜査官のファインをサポートしていた。ある日、ファインは核爆弾の隠し場所を知る男ボヤノフを、誤って射殺してしまう。CIAはボヤノフの娘レイナが核爆弾の行方を知っていると考えファインを送り込むが、ファインはレイナによって撃ち殺されてしまう。レイナがテロリストに核爆弾を売ろうとしていること、そしてCIA捜査官のデータを握っていることを知ったスーザンは、自ら現場捜査官に志願。凄腕捜査官のリックと共に現場に潜り込むが……。

イ・ジョンジェが4年間温めてきたシナリオを元に初監督したスパイ・アクション。激動の80年代を舞台に、組織内に入り込んだ北のスパイを探し出す任務についた諜報員たちが、大きな陰謀に巻き込まれていく。

不可能なミッションを遂行してきた天才的スパイのイーサン・ハントは、敵の罠に落ち、前例のない衝撃的な計画に翻ろうされてしまう。イーサンは己との戦いを克服し、成功率0％の任務を成し遂げるため、ヨーロッパやアジアへと飛ぶ。そして最高機密組織I.M.F.の新たなるメンバーとともに任務を遂行する。

ボスニアの戦争犯罪者を捕らえるという大胆な計画を立てた若きジャーナリスト、経験豊富なカメラマン、そして信頼を失った記者は、国連代表が彼らをCIAの殺し屋集団と勘違いしたことで、急速にコントロールを失っていく。

休暇中のイーサンのもとに、緊急指令が下った。それはテロ集団に奪われた致死細菌“キメラ”の奪回。早速新チームが編成されるが、そこには見知らぬ女盗賊・ナイアの名があった。不審に思いながら、イーサンは彼女に接近を図る。