El passat de Jason Bourne torna per ell. A la segona entrega de la saga de tres pel·lícules basades en la vida de Jason Bourne, un exagent de la CIA que perd la memòria i mentre lluita per recuperar-la i aconseguir saber qui és en realitat, es veu involucrat en una xarxa d'espionatge i manipulació de governs per part dels Estats Units on serà perseguit per assassins professionals, mercenaris paramilitars, i excompanys de la CIA. La pel·lícula comença a Goa, Índia, on Jason i Marie se n'han anat a viure per amagar-se de Treadstone, però allà un antic agent de la companyia els localitza i persegueix. Jason Bourne comença la seva aventura per descobrir el seu passat recordant-ne part, i perseguint l'agent, que a més s'està fent passar per ell.

Un pastor protestant, expulsat de la seva església, treballa a Mèxic com a guia turístic, dirigint excursions formades sobretot per americanes madures. En una d'elles és víctima dels intents de seducció d'una sensual joveneta, la qual cosa li provoca l'animadversió de les altres dones. Finalment, el grup arriba a un hotel regentat per una vella amiga seva.

Mentre el matrimoni d'en Tom fa aigües, es veu forçat a viatjar a Nova York per l'intent de suïcidi de la seva germana bessona Savannah, una poetessa de gran talent fortament trasbalsada per obscurs secrets d'una infantesa dissortada. Allà coneixerà la Dra. Lowenstein, la psiquiatra que atén la Savannah, amb qui col·laborarà per revelar els traumes familiars que l'afecten. De mica en mica tots dos se sentiran atrets l'un per l'altre i miraran de resoldre els seus propis conflictes personals.