第2次世界大戦中のイタリア。シチリア島の漁村で暮らす12歳の少年レナートは、美しい年上の女性マレーナに魅せられる。彼女は結婚して2週間で戦地に送られた夫の帰りを待ち続け、レナートはそんな彼女の姿を見守っては想いを募らせていた。戦局の移り変わりで島はナチス、次いで米軍の支配下となり、戦争未亡人となったマレーナは自分を庇護してくれる愛人の間を渡り歩く。だがそんな彼女の行動は島の人々の反感を買う。

ある事件を解決した元記者のミカエルと女性調査員リスベットのコンビだが、ミカエルが雑誌“ミレニアム”の編集部に復帰したこともあり、コンビは自然と解消した。1年後、少女売春組織を追う記事を準備していた記者2人が殺される事件が起き、リスベットの指紋がついた拳銃が犯行現場に残されていたことから、彼女は指名手配されてしまう。ミカエルが独自に真相を調べる一方、リスベットは謎の大男ニーダーマンに命を狙われる。