L'espectacular batalla entre els Evangelion, les màquines de combat definitives creades per la humanitat, i les insondables entitats conegudes com a Ángeles s'intensifica fins a aconseguir el punt de ruptura a partir del qual ja res tornarà a ser com abans. Sota l'incessant ataqui invasor, l'agència NERV activa dues noves unitats d'Eva pilotades per la misteriosa Mari Illustrious Makinami i l'agressiva Asuka Langley Shikinami.

La Hitomi és una jove estudiant japonesa que es troba sumida en un estat de depressió i desitja desaparèixer. Sorprenentment, el seu desig es compleix i es veu transportada màgicament al món de Gaia. Alli, troba a Van, un jove rei que ha jurat venjança contra les forces invasores del Drac Negre, que van arrasar el seu regne i amenacen amb conquistar i dominar tot el planeta. Atrapada en un conflicte que ni tan sols comprèn, la Hitomi decideix ajudar a Van en la seva croada i acaba descobrint que ella mateixa és una peça clau en la destinació de Gaia. Una destinació lligada inexorablement a la llegendària armadura del drac blanc amb poder per salvar o destruir-ho tot: Escaflowne...