Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.
Er staat weer werk te wachten op de bemanning van Planet Express; Leela is op de vlucht, Bender is verliefd, en Fry moet het universum redden van donkere wezens die het aankomende groene tijdperk proberen te verhinderen.
Lynn en Sue zijn twee criminele zussen die de beschikking hebben over een super-geavanceerde computer waarmee ze overal binnen kunnen komen. Nadat een Shanghaise computermagnaat wordt vermoord wordt agente Hong op de zaak gezet. Zij jaagt op de zussen maar raakt ook door hen geïntrigeerd. Ook de zussen zijn geïnteresseerd in Hong omdat ze een waardige opponente hebben gevonden.
Een jong koppel verhuist naar een droomhuis met hun pasgeboren baby en het is alsof het leven voor hen echt niet beter meer kan worden. Maar al bij de eerste nacht horen zij een vreemd geluid vanuit de babyfoon en spoedig begint de echtgenoot Juan een mysterieuze man te zien in het huis.
Ze zijn een stuk bos aan het kappen als één van hen, Travis Walton, wordt ontvoerd door een UFO. Ze hebben grote moeite de autoriteiten van hun oprechtheid te overtuigen. Pas vijf dagen later wordt Travis weer gevonden; naakt en volledig in de war.
Banlieue 13, vier jaar later. De regering is veranderd, maar de rest niet. De muur die zorgt voor isolatie, hoger en groter dan ooit, is verspreid over de getto's en bendes hebben hun invloed uitgebreid. De zaken zijn nu verdeeld over vijf verschillende etnische buurten, allen met een eigen krachtige leider.
Winnie de Poeh, Knorretje, Uil en Teigetje besluiten de strijd aan te gaan in de stad Ashdown, de thuisbasis van Christopher Robin, en laten een bloedig spoor van dood en chaos achter.
Politieagent Frank McRae (Tom Atkins) onderzoekt een reeks brute moorden in New York en hij denkt dat de moordenaar een politieagent is. Zijn chef wil hier echter niets van weten. Op een gegeven moment wordt politieagent Jack Forrest (Bruce Campbell) aangezien als de dader en gearresteerd, nadat zijn vriendin dood wordt gevonden in een motel. McRae is er echter van overtuigd dat Forrest niet de moordenaar is en gaat op onderzoek uit.
De beschaving is vernietigd door oorlog en vervuiling en de overlevenden hebben Ecoban gesticht, de laatste stad op aarde. Aangezien de meeste natuurlijke bronnen opgebruikt zijn, wordt de energie gehaald uit de vervuiling zelf. De bewoners van Ecoban moeten dus voortdurend vervuilen.
Een ruimteschip dat terugkeert van de eerste bemande vlucht van Venus, crasht in zee en bevrijdt een klein monster dat toevallig aan boord was gekropen. Het monster blijkt echter een gevaarlijke Ymir te zijn, en als het beest volwassen is geworden, dreigt het Rome aan te vallen.
Chev Chelios komt bij zinnen in de handen van enkele Chinese bendeleden die zijn hart stelen en vervangen door een kunsthart. Deze loopt op batterijen die de regelmatige schok van elektriciteit vereist om werking bij te houden. Voor Chev volgt een race door Los Angeles, om alles weer recht te zetten, wraak te nemen en zijn eigen hart terug te vinden.
In Los Angèles vertrekt Lexi 's ochtends vroeg naar het centrum. Dan vindt er vlakbij haar een aanval plaats met chemische wapens en haar thuis gebleven man Brad wil haar gaan zoeken. Hij komt echter niet ver en keert terug naar huis. Samen met een andere, op de vlucht geslagen man sluit hij vervolgens zijn huis af voor het gevaar van de chemische stoffen. Angst en onzekerheid slaan toe wanneer de berichtgevingen steeds deprimerende gaan worden...
Na afloop van de Derde Wereldoorlog is elke vorm van oorlog met frontsoldaten verboden en de conflicten worden nu uitgevochten met gigantische robots, bestuurd door de allerbeste piloten. Achilles is zo een toppiloot en moet op een gegeven moment de strijd aanbinden met een robot van de vijand om uit te maken wie heerschappij over de staat Alaska krijgt.
De 14.000 jaar oude John "Man from Earth" Oldman leeft nu een comfortabel leventje als hoogleraar in Californië. Zijn vredig bestaan wordt verstoord wanneer vier studenten zijn grootste geheim ontdekken.
Metzburgh is niet de perfecte stad. De industriële bloei ligt hier al jaren achter, maar de burgers houden van hun huis en proberen zo goed mogelijk te leven. Het kan zijn dat deze goede geest en instelling een nieuw buitenaards virus naar de stad hebben gebracht, op zoek naar bewoners om te ‘zombificeren’. Geconfronteerd met een dergelijke invasie kan alleen Nemesis, een inwoner van de oorspronkelijke oorsprong van het virus, de hordes geïnfecteerde mensen die de ziekte verspreiden, tegenhouden. Hoewel Nemesis helaas voor de inwoners van Metzburgh het concept van ‘bijkomende schade’ nooit heeft begrepen.