アニメ「メイドインアビス」の総集編の後編。 生存訓練を経てシーカーキャンプを発ったリコとレグは、さらなる深界へと足を踏み入れる。その先には、より過酷な冒険が待ち構えていた。巨大な植物の出す湯気の覆い尽くす深界四層で窮地に陥ったふたりは、自らを「成れ果て」と呼ぶ不思議な生き物と出会う。

呪いの元凶である魔獣ウルガルムを打ち倒し、 アーラム村の子供たちを救ったスバルたち。 やっと訪れた平穏も束の間、スバルは 誰にも知られてはならない、とある極秘ミッションに挑んでいた。 しかし変装していたにも関わらず、すぐにペトラを始め、 村の子供たちに正体がバレてしまうスバル。 開始5秒でバレてしまったミッションとは、 エミリアとのデートコースの下見で……。

不穏な事件や心霊現象の目撃が続く、郊外の工場跡地に立つ巨大集合住宅。ここに引っ越してきた大学生のりんは、ある日、怪異を体験し、死の呪いの恐怖に戦慄（せんりつ）する。しかし、この建物の謎を調査している民俗学研究者の時世や呪術師の斎恩らと出会い、りんは怪異の正体を突き止めようとする。