Naš prijateljski junak iz susjedstva pridružuje se svojim najboljim prijateljima Nedu, M.J. i ostatku ekipe na ljetnom odmoru u Europi. Međutim, Peterov plan da ostavi svoje superjunačke dužnosti na nekoliko tjedana brzo se izjalovi kada nevoljko pristane pomoći Nicku Furyju u otkrivanju napada misterioznih stvorenja koji stvaraju kaos diljem kontinenta.
Timovi nedavno preminulih ljudi koji su oživljeni i opremljeni naprednim oružjima moraju surađivati kako bi porazili vojsku čudovišta u Tokiju i Osaki.
Nakon međusobne borbe u prvom filmu, mutantski neprijatelji profesor Xavier i Magneto moraju se udružiti da nađu mutanta ubojicu koji je pokušao smaknuti predsjednika dok Mutantsku akademiju napadaju oružane snage.
Dva mutanta, Rogue i Wolverine, dolaze u privatnu akademiju za svoju vrstu čiji se rezidentni superherojski tim, X-Men, mora suprotstaviti terorističkoj organizaciji sa sličnim moćima.
Prošlo je nekoliko mjeseci otkako su mutanti zaustavili Williama Strykera, ali su to platili gubitkom Jean Gray, s čime se Scott nikako ne može pomiriti. Odlazi na mjesto na kojem ju je izgubio i ona se pojavi pred njim. Sukobi ljudi i mutanata, koji dosežu kritičnu točku, mogli bi uskoro prestati jer su znanstvenici otkrili zbog čega mutanti uopće mutiraju. To otvara put proizvodnji „lijeka“ za mutaciju, što X-Mene zgražava. Vijesti dopiru i do Magneta, koji odlučuje povesti mutante u veliki rat protiv čovječanstva pa za saveznike pokušava dobiti i mutante profesora Xa.
Bond se bavi sjevernokorejskim vođom koji se podvrgava postupcima zamjene DNK koji mu omogućuju da preuzme različite identitete. Američki agent Jinx Johnson pomaže Bondu u pokušaju da uništi negativčeve planove za eksploataciju satelita koji se napaja solarnom energijom.