仕えるべき主をもたぬ「はぐれ忍び」牙神獣兵衛は、望月藩お抱えの甲賀組忍びでくノ一の陽炎を偶然助ける。彼女は、下田村に広まった疫病の原因を解明するために仲間たちと一緒に潜入したところを、謎の忍び軍団・鬼門八人衆に襲われたのだ。仲間はすべて殺され、生き残ったのは彼女のみ。陽炎を助けたために、鬼門八人衆に狙われることになった獣兵衛は、その最中、公儀隠密・濁庵の罠にはめられ、敵の陰謀を探る羽目になる。その中で獣兵衛は、みずからがはぐれ忍びとなった過去の因縁と向き合っていく。

高名な建築家の森谷から、高校生探偵・工藤新一宛てにパーティーの招待状が届く。コナンは新一の声で蘭に代理出席を依頼、自分はコナンの姿で付き添うことになった。パーティーの数日後、爆弾のもとになる特殊火薬が盗み出され、連続放火事件が発生。さらには犯人らしき人物から、新一に挑戦するような爆破予告がなされる。見えない犯人を相手に、隠された爆弾を次々と発見していくコナンは、やがて事件の共通点に気付き……。

すべてが朱に染まる夕暮れ、篠原重工の天才プログラマー・帆場暎一が、バビロンプロジェクトの要となるレイバー用海上プラットホーム「方舟」から投身自殺する。その口元に嘲りの笑みを浮かべながら…。これが、すべての始まりであった。 時期を同じくして、レイバーが突如暴走する事件が多発。遂には自衛隊の試作レイバーまでが無人で暴走事件を起こす。 特車二課第1小隊は、近々正式配備される新型パトレイバー（通称「零式」）に関する研修中のため不在。単独で暴走事件の処理に追われる第2小隊の篠原遊馬巡査は、多発する暴走事件の異常性にいち早く気付いて独自に調査を始め、原因が暴走した機体すべてに搭載されていた篠原重工製の最新レイバー用OS「HOS」(Hyper Operating System)ではないかと推測する。また、同様の疑念を抱いていた第2小隊長・後藤喜一警部補は、「HOS」の主任開発者だった帆場の捜査を、本庁の松井刑事に依頼していた。 遊馬の調査の結果、「HOS」が意図的に引き起こす暴走が事件の原因で、暴走の引き金が強風によって建造物から発せられる低周波音であることが明らかとなるが、知らせを受けた警視庁上層部や政府は、有力企業である篠原重工との関係やHOSを認可した国の責任問題の隠蔽を重視し、旧OSに戻すこと（公式には「HOS」のバージョンアップと称される）で政治的決着を図ろうとする。 そしてすべての謎が解明された時、大規模な暴走の引き金となる強風=台風の接近と、その台風により大音量の低周波音を発する東京湾上の浮遊建造物「方舟」を解体するため、第2小隊は「方舟」に向けて緊急出動する。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

天地と椿の精・ハルナの切ない恋を描く。ある春の日、いつものごとくケンカをはじめた魎呼と阿重霞のもとから逃げ出す天地。そして彼はそのまま失踪してしまう。天地を探して日本中を旅する魎呼と阿重霞。ふたりはようやく天地を見つけるが、なんと彼は見知らぬ女性と同棲していた。天地を呼ぶ魎呼たちの声もむなしく、彼は女性と共に姿を消してしまう。天地の身に何が起こったのか？　そして謎の女性の正体とは？

菊池秀行の同名小説　闇ガードシリーズ第一作の劇場公開作品。 人間界と魔界、両世界は紛争を避ける為平和条約を締結し永きに渡り不干渉の約束の下平和を享受してきた。その平和を守るため人知れずお互いの世界を守る「闇ガード」が居た。平和条約の期限切れが迫る中、新たなる条約調印の為来日するジュゼッペ・マイヤートの護衛を命ぜられた人間側闇ガード滝蓮三郎と魔界側闇ガード 麻紀絵に調印阻止を図る魔界側テロリストが次々と襲い掛かる。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。

日本が津軽海峡を挟んで分割占領された戦後世界。 1996年、北海道は「ユニオン」に占領され、「蝦夷」と名前を変えていた。「ユニオンの塔」と呼ばれる塔を建設し、その存在はアメリカとユニオンの間に軍事的緊張をもたらしていた。青森に住む中学３年生の藤沢浩紀と白川拓也は、飛行機を自力で組立て、そこまで飛ぶことを夢見ていた。また２人は同級生の沢渡佐由理に恋心を抱いており、いつの日にか自分たちの飛行機で、佐由理を塔まで連れて行くことを約束する。しかし、佐由理は何の連絡も無いまま姿を消し、浩紀は東京、拓也は地元の高校へ進学し、彼女が消えた喪失感を埋め合わせるように日々を送る生活が続いた。

未来、現在、過去。時空を越えてあらゆるものが“そいつ"を狙っている! 日本のトップアニメーターたちにも多大な影響を与えた伝説のアニメーション あらゆる時間、空間、次元を触んでいく悪の化身“ロック・ナー"。 そのロック・ナーをめぐる、〔グリマルディ〕、〔ハリー・キャニオン〕、〔デン〕、〔キャプテン・スターン〕、〔B-17〕、〔美人は危険〕、〔ターナ〕の7つの物語。