I Australien sidder den otteårige Mary, og hun har det ikke sjovt. Hendes far udstopper dyr i garagen, mens mor svinger sherryflasken i køkkenet. I skolen tisser de andre børn på hendes madpakke, og lærerinden skælder ud, fordi Mary aldrig smiler. Men så er det jo heldigt, at hun finder på at blive penneven med en tilfældig amerikaner. Max sidder i New York og er en lige så utilpasset, midaldrende jøde med vægtproblemer.

Toto er vokset, og nu er en ung pik. En ond rancher tricks den kvindelige ejer af ranchen, hvor de bor, og tvinger hende til at satse ejendommen i en hanekamp i arenaen. Toto er den eneste mulighed for at forsvare deres hjem, så han skal træne på bare én uge og vinde mesterskabet i arenaen.

De bevæger sig lydløst som tigre. Slår til hurtigt som ørne. Med samme effekt som en stime priratfisk. De er Ninjaer, verdens farligeste krigere. Men tak og lov har slægten været uddød i i 300 år. Da Scott James, en afdanket martial arts-mester, opsøges af en rig kvinde, tror han først ikke sine ører. Hun vil hyre ham som livvagt, efter at hun er blevet truet af en gruppe ninjaer. Det kan ikke være muligt. Scott er nemlig den eneste, der kender til den hemmelige ninjateknik, foruden hans halvbror. Scott påtager sig modvilligt opgaven, hvilket fører ham til Sydamerika og til afsløringen af en mægtig organisation, der uddanner Ninjaer til at udføre verdensomfattende terrorangreb. En konfrontation er uundgåelig, og den indtræffer i den ottejkantede træningslejr, der bærer fjendens navn: The Octagon.

En ond videnskabsmand, kendt som The Cobra, har udviklet en dræbende virus, som han vil afprøve på vinderen af det forestående verdensmesterskab. The Cobra vil derved overbevise en forsamling af internationale terrorister, om effekten af dette dødbringende våben. American Ninja deltager i verdensmesterskabet, og finder ud af The Cobra's ondskabsfulde planer. Han må nu kæmpe mod en hel hær af ninjaer for at komme frem til The Cobra's godt beskyttede laboratorium, for at fremskaffe modgiften.