Den allerførste og allerstærkeste af X-Men-mutanterne var Apocalypse, der blev tilbedt som en gud for tusinder af år siden. Nu er den udødelige supermutant atter genopstået, og han er vred over tingenes tilstand. For at udrense og genstarte menneskeheden hverver han en gruppe desillusionerede mutanter med Magneto i spidsen. Så er det op til Professor X og hans hold af gode mutanter at redde verden!

Pigen Meg og hendes geniale storebror Charles, hvis far er forsvundet sporløst. Søskendeparret finder ud af, at faren, der var videnskabsmand, har arbejdet på en slags tidsmaskine, så de begiver sig ud på en eventyrlig rejse for at finde ham. Snart ender børnene på en fremmed planet, der herskes af en gigantisk ond hjerne kaldet The Black Thing.