De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.

Op de vlucht voor de politie worstelen de wanhopige drugskoerier Astor en zijn mooie gevangene door de woeste hitte...

Leopold Dilg, die vanwege moord en brandstichting ter dood veroordeeld is, ontsnapt op spectaculaire wijze uit de gevangenis. Tijdens de ontsnapping raakt hij gewond en duikt onder bij Nora Shelley, waar hij zich voordoet als tuinman.

Dr. Praetorius is een onorthodox medisch professor die eigenlijk meer geïnteresseerd is in de ziel dan de fysieke mens en die les geeft op een universiteit. Een conservatieve rivaal besluit een onderzoek in te stellen naar zijn vage verleden en in het bijzonder de mysterieuze oude man die bij dr. Praetorius in huis woont.

Een vrouwelijke nietsnut uit Long Island reageert op een advertentie van het welgestelde koppel Allison en Laird. Zij moet hun introverte en sociaal onhandige zoon daten en hem helpen uit zijn schulp te kruipen. De jongeman staat immers op het punt zijn studie aan de universiteit aan te vatten.

Zes dagen uit het leven van Wilhelm, een wat zonderlinge man die schrijver wil worden. Hij krijgt van zijn moeder een treinkaartje naar Bonn om van het leven te gaan proeven. In de trein ontmoet hij een oudere man en een jong meisje, die samen rondzwerven en hij betaalt voor hun kaartje.

Dr. Barnaby Fultan is de saaie wetenschapper die aan een verjongingsmiddel werkt, zonder succes. Tot het moment dat de chimpansee waar hij mee werkt, uitbreekt en het laboratorium overhoop gooit en per ongeluk de formule bereidt waar Fultan al jaren naar op zoek is.

Rebecca Bloomwood (Isla Fisher) is een jonge vrouw die samen met haar beste vriendin in een flatje woont. Ze heeft een saaie baan en vindt dat ze niet genoeg betaald krijgt. Dat is niet handig, want Rebecca heeft een koopverslaving. Naast deze verslaving die haar veel geld kost, moet ze ook nog eens tal van achterstallige rekeningen betalen. Ze weet niet meer hoe ze er mee aan moet, tot ze een betere baan krijgt als financieel journalist in New York.

Producent Meyerheim is het beu dat het altijd zo lang duurt voor scenarist Benson een scenario af heeft. Hij zet hem onder druk, door hem te zeggen dat hij voor zijn laatste opdracht, waarvoor hij al goed betaald werd, nog 48 uur krijgt. Dat maakt Benson wanhopig, want hij staat nog nergens. Hij gaat dan maar op zoek naar een secretaresse met fantasie die hem kan helpen.

Vredesrechter Melvin Bush heeft een paar jaar geleden enkele huwelijken gesloten. In verband met zijn verlopen vergunning worden de huwelijken alsnog ongeldig verklaard, waardoor nu blijkt dat vijf echtparen nooit officieel getrouwd zijn geweest.

Shekhar en Suman zouden morgenochtend trouwen en vanavond is de Sangeet Sandhya. Het is een gearrangeerd huwelijk waarbij Shekhar te enthousiast lijkt te zijn over het huwelijk, maar vlak voor de Sangeet Sandhya-functie ontdekt Suman dat Shekhar niet van haar houdt en besluit hij, diepbedroefd, de bruiloft af te blazen.