妊娠を機に殺し屋稼業から足を洗ったザ・ブライドは結婚式のリハーサルの最中、属していた組織のボスであるビルとその配下である4人の殺し屋から襲撃を受ける。婚約者である夫を殺され、妊娠していた彼女も凄惨なリンチにより、4年間の昏睡状態に陥るほどの重傷を負わされる。昏睡から目覚めたザ・ブライドは、ビルと4人の殺し屋への復讐に向けて動き始める。

ザ・ブライドは結婚式を襲撃した4人の殺し屋の内、オーレン石井とヴァニータ・グリーンに復讐を果たした。残った2人、ビルの弟で現在は酒場の用心棒として働いているバドと、ビルの現在の愛人であるエル・ドライヴァー、そして結婚式襲撃の首謀者と思われるビルに復讐するため、ザ・ブライドはまず手始めにバドが住んでいるテキサスの地へ向かう。

紀元前200年、戦乱のさなかの中国。後に始皇帝となる秦王のもとに無名と名乗る男が拝謁を願い出る。彼は中国全土で最強と評判の暗殺者3人、長空、残剣、飛雪を自らの手で倒したと語り、それぞれが所有していた自慢の武器を証拠として持参していた。暗殺者たちを恐れる秦王は、100歩以内の距離に誰も近づけようとしなかったが、無名にはもっと近くまで寄ることを特別に許し、それらの対決の歴史を詳しく語るよう彼に命じる。

カンフー道場のドラ息子、ウォン・フェイフォンは練習は真面目にしない、町に出れば悪戯ばかりという放蕩ぶり。見兼ねた父親は、息子を改心させようと、カンフーの達人ソウ・ハッイーを呼び寄せた。厳しい修行で知られるソウ・ハッイーの元での修行を強いられたウォンは、酔えば酔うほど強くなる、という秘伝の拳法“酔八仙”を受け継ぐために苛酷な修行に励む。

剣の英雄たちが群雄割拠する時代。天下の名剣“グリーン・デスティニー”の使い手としてその名を轟かせる英雄リ－と女弟子ユーは、心惹かれ合いながらも長い間人々のため正義に生きてきた。リーは剣を置く決意をしてグリーン・デスティニーをユーに託し、依頼されたティエ氏に無事剣を届けたユーは、そこで貴族の娘イェンと出会う。その夜、グリーン・デスティニーが何者かに盗まれ、ユーはイェンを疑い彼女の家を訪ねる。

ミスター・ハンが3年に1度開催する武術トーナメントへの招待を受けた少林寺の高弟リーは、国際情報局のブレイスウェイトに犯罪組織の疑いが高いハンの島の内偵を依頼される。準備の為に一度帰郷したリーは家人から、数年前ハンの屈強な手下オハラの仲間達によって追い詰められた姉スー・リンが自害を遂げた事を聞き、ハンへの復讐を誓う。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

スペイン・バルセロナ。カンフーの達人トーマスとデビッドは、ある日、怪しい男たちに追われる謎の美女シルビアを助ける。友人のヘボ探偵・モビーの手を借り、実はシルビアが伯爵の娘で、彼女の遺産を狙う伯爵の弟が一味の黒幕だと知ったトーマスたち。だが度重なる激しい襲撃に、ついにシルビアがさらわれてしまう。３人は彼女を助けるため、最強の戦闘集団と壮絶な肉弾戦を繰り広げる！ ジャッキー、サモ・カン、ユン・ピョウの黄金トリオが再集結し、バルセロナを中心に全編オールロケを敢行。終盤には３人それぞれの決闘シーンがあり、中でもジャッキーとマーシャルアーツ世界王者ベニー・ユキーデが拳を交える、スピーディな攻防は圧巻だ。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

シリーズの人気キャラクターでもある漆黒の忍者スネークアイズを主人公に、マスクで顔を隠し謎に包まれたスネークアイズがいかに誕生したかを描く。日本の闇の組織からある男の命を救ったスネークアイズは、秘密忍者組織「嵐影」への入門を許可される。600年にわたり日本の平和を守ってきた嵐影だったが、悪の抜け忍組織と国際テロ集団「コブラ」の連合軍による攻撃にさらされ、危機に瀕していた。スネークアイズは嵐影の3つの試練を乗り越え真の忍者となり、世界を守るため戦う。