悪のはびこるゴッサム・シティーを舞台に、ジム警部補やハービー・デント地方検事の協力のもと、バットマンは街で起こる犯罪撲滅の成果を上げつつあった。だが、ジョーカーと名乗る謎の犯罪者の台頭により、街は再び混乱と狂気に包まれていく。最強の敵を前に、バットマンはあらゆるハイテク技術を駆使しながら、信じるものすべてと戦わざるを得なくなっていく。

無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。

USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。