ジョーは、大統領の命を救った事もある元シークレット・サービスだったが、今はしがない探偵に落ちぶれていた。ダンサーのコリーの身辺警護を仕事仲間が持ち込んできたが、女房と密通していたそいつは、ジョーの家の前で車ごと爆死する。一方、コリーの情夫、元フットボーラーのジミーは、妻子を事故で失った傷も癒えぬまま、麻薬と賭博でリーグを追われ、人生に何の目標も持てない日々を送っていた。警護に就いたジョーを何者かが襲う。辛くも相手を倒し、駆けつけるが一歩遅く、ジョーとジミーの目前でコリーは何者かに殺されてしまう。

大統領の友人がクルーザーの中で一家皆殺しにされる。CIA情報担当副長官ジャック・ライアンは、被害者が麻薬組織の金の洗濯係だったことを突き止めた。大統領は密かに組織への攻撃を補佐官に命令する。 CIA作戦担当副長官は密かに特殊部隊をコロンビアに送り込む。麻薬王の情報係コルテズはボスの地位を乗っ取るため補佐官に取引を持ちかけ、攻撃の中止を約束させる。 それを知ったライアンは見殺しにされようとしている隊員たちを救うために現地に向かうが、全ては彼のせいだと聞かされているCIA工作員クラークが殺害命令を受けて待ち構えていた。

前作の事件の後、カースティーは精神病院に入院していた。カースティーは自分の体験を話すが、誰も取り合わない。そんな中、彼女は夢か現実か父らしき人物が助けを求めるのを見る。一方、病院の院長チャナードは以前からパズルボックスの研究をしており、口実を設け警察から事件現場のマットレスを手に入れる。彼は病院の患者を犠牲にし、マットレスからジュリアを復活させることに成功する。さらにはパズルマニアの少女ティファニーを使って、自らを犠牲にすることなく魔道士（セノバイト）を呼び出そうとする。

トランスポーター業から足を洗い、マイアミにやって来たフランク。彼は裕福なビリングス家の6歳になる一人息子、ジャックの送り迎え係として穏やかな日々を過ごしていた。しかし、ある日、ジャックの定期健診のために訪れた病院で、2人は何者かに襲われてしまう。

テキサスからメキシコへの旅行中に、若者のグループが血まみれのヒッチハイカーを拾い上げ、彼女は前の晩に近くの家で起きた虐殺の唯一の生存者であると主張します。 Tobe Hooper（1974）による同名のクラシックのリメイク。

天才科学者セバスチャンは、国家の極秘プロジェクトとして生物の透明化と復元を研究している。彼と研究チームは、動物実験において透明化を実現していたが、その状態が長時間続くと精神に影響が及んで凶暴性が増してしまい、復元も成功できる物では無かった。ある日、セバスチャンは透明化した生物を復元させるための薬の開発に成功するが、彼はこの事を国家には報告せず、チームの反対を押し切り、自らを使って初となる人体実験を行う。