L'amenaça d'un terrorista de posar un seguit de bombes en una ciutat molt poblada, farà que el famós detectiu adolescent Shinichi Kudo, àlies Conan Edogawa, hagi de fer servir la seva increïble capacitat de deducció per salvar un munt de vides, que ara són a les seves mans. Al costat de la Ran Mouri, la seva companya de classe i encara millor amiga, en Conan posarà fil a l'agulla al cas del professor Moriya, un arquitecte obsessionat amb la simetria.