超能力をビジネスに利用している警備会社コンセックの科学者により、その能力をさらに開発された超能力者のベイル（スティーヴン・ラック）。ベイルの任務は、もう一人のスキャナー、レボック（マイケル・アイアンサイド）の追跡。しかし、驚異的な力で世界をわがものにしようとたくらむレボックは、彼の野望に逆らうスキャナーたちを虐殺し始め……。
巨大コンピュータとの戦いを描くシリーズ第3弾。超高性能コンピュータを開発して世界の富を手に入れようと企む大企業の社長ウェブスターは、天才プログラマーのゴーマンを仲間に引き込み、気象衛星をコントロールすると南米上空に豪雨を降らせコーヒー畑を壊滅させようとする。しかし駆けつけたスーパーマンに作戦を阻止されたウェブスターたちは、彼の弱点であるクリプトナイトの存在を突き止めた。クリプトナイトの影響で、スーパーマンの心に悪が芽生え始めた頃、ウェブスターたちはグランド・キャニオンにスーパー・コンピュータの要塞を作り上げていた……。