Fjerdeklassingen Fujino lager en mangaserie i skoleavisen som får strålende omtaler fra klassekameratene. Men en dag sier læreren hennes at Kyomoto, en elev som ikke kommer på skolen, vil gi ut sin egen manga i avisen. De to jentenes delte lidenskap for manga fører dem sammen helt til en dag da en hendelse ødelegger alt. En hjerteskjærende historie om å vokse opp utfolder seg.

Filmen handler om en ung gutt som blir venn med en merkelig seende gullfisk som han kaller Ponyo. Hennes største ønske er å leve blant menneskene med den gutten hun elsker. Den lille gutten tar henne med til pleiehjemmet der søsteren hans blir tatt vare på av noen snille gamle damer, og de blir alle like forskrekket da de hører Ponyo snakke og forteller de alle hvor mye hun liker den lille gutten. Dessverre skaper Ponyos avgjørelse om å gi opp et liv under havets overflate en sprekk i en eldgammel forbannelse, og plasserer verdenen i fare. Sammen må Ponyo og gutten gjøre det rette.