Etter hendelsen kalt "The Second Impact" blir Tokyo-3 angrepet av gigantiske skapninger kalt engler som prøver å utrydde menneskeheten. Gutten Shinji har som mål å bekjempe englene ved å føre en av de mystiske Evangelion mecha-enhetene. En nyinnspilling av de seks første episodene av GAINAXs berømte anime-serie fra 1996. Filmen fikk tittelen "Evangelion: 1.01" for DVD-utgivelsen og "Evangelion: 1.11" for en utgivelse med flere scener.

Det er 1982. Takeo er 27 år, ugift, og har bodd i Tokyo i hele sitt liv. Hun bestemmer seg for å besøke slektninger på landet. Når hun sitter på toget og tenker hun tilbake på barndomstiden, de første romatiske følelsene og frustrasjonen over matte og gutter. På togstasjonene blir hun møtt av den unge bonden Toshio, og møtet vekker følelser i henne som minner henne på glemte lengsler.